| | Affluenti del Torrente Mela (ITA030007) | 1.565 ha |
| | Alta Valle del Fiume Alcantara (ITA030035) | 3.631 ha |
| | Alto corso del Fiume Asinaro, Cava Piraro e Cava Carosello (ITA090016) | 2.327 ha |
| | Alto corso del Fiume Irmino (ITA080002) | 1.255 ha |
| | Arcipelago delle Egadi - area marina e terrestre (ITA010027) | 93 ha |
| | Arcipelago delle Eolie - area marina e terrestre (ITA030044) | 79 ha |
| | Arcipelago delle Pelagie - area marina e terrestre (ITA040013) | 86 ha |
| | Area Marina di Capo Passero (ITA090031) | 74.351 ha |
| | Bacino del Torrente Letojanni (ITA030004) | 1.308 ha |
| | Baia Settefrati e spiaggia di Salinelle (ITA020051) | 68 ha |
| | Banchi di Marettimo (ITA010033) | 6.169 ha |
| | Biviere di Lentini, tratto mediano e foce del Fiume Simeto e area antistante la foce (ITA070029) | 61 ha |
| | Biviere e Macconi di Gela (ITA050001) | 3.663 ha |
| | Boschi di Gibilmanna e Cefalù (ITA020002) | 2.570 ha |
| | Boschi di Granza (ITA020032) | 1.878 ha |
| | Boschi di Piazza Armerina (ITA060012) | 4.610 ha |
| | Boschi di San Mauro Castelverde (ITA020003) | 3.559 ha |
| | Boschi Ficuzza e Cappelliere, Vallone Cerasa, Castagneti Mezzojuso (ITA020007) | 4.627 ha |
| | Bosco del Flascio (ITA070007) | 3.022 ha |
| | Bosco di Calatafimi (ITA010013) | 241 ha |
| | Bosco di Linera (ITA070022) | 44 ha |
| | Bosco di Malabotta (ITA030005) | 1.595 ha |
| | Bosco di Milo (ITA070020) | 82 ha |
| | Bosco di S. Adriano (ITA020025) | 6.821 ha |
| | Bosco di S. Maria La Stella (ITA070021) | 133 ha |
| | Bosco di Santo Pietro (ITA070005) | 7.236 ha |
| | Bosco di Sperlinga, Alto Salso (ITA060009) | 1.781 ha |
| | Bosco Pisano (ITA090022) | 2.082 ha |
| | Cala Rossa e Capo Rama (ITA020009) | 15 ha |
| | Calanchi, lembi boschivi e praterie di Riena (ITA020022) | 754 ha |
| | Canalone del Tripodo (ITA070015) | 1.946 ha |
| | Capo Calavà (ITA030033) | 159 ha |
| | Capo Gallo (ITA020006) | 2 ha |
| | Capo Milazzo (ITA030032) | 47 ha |
| | Capo Murro di Porco, Penisola della Maddalena e Grotta Pellegrino (ITA090008) | 172 ha |
| | Capo Peloro - Laghi di Ganzirri (ITA030008) | 60 ha |
| | Capo San Vito, Monte Monaco, Zingaro, Faraglioni Scopello, Monte Sparacio (ITA010017) | 1 ha |
| | Cava Cardinale (ITA090019) | 2.043 ha |
| | Cava Contessa - Cugno Lupo (ITA090021) | 1.795 ha |
| | Cava d'Ispica (ITA080009) | 947 ha |
| | Cava Grande del Cassibile, Cava Cinque Porte, Cava e Bosco di Bauli (ITA090007) | 5.256 ha |
| | Cava Palombieri (ITA090017) | 552 ha |
| | Cava Randello, Passo Marinaro (ITA080006) | 499 ha |
| | Complesso Calanchivo di Castellana Sicula (ITA020015) | 182 ha |
| | Complesso Immacolatelle, Micio Conti, boschi limitrofi (ITA070008) | 69 ha |
| | Complesso Monte Bosco e Scorace (ITA010008) | 606 ha |
| | Complesso Monte Telegrafo e Rocca Ficuzza (ITA040006) | 5.289 ha |
| | Complesso Monti di Castellammare del Golfo (TP) (ITA010015) | 1 ha |
| | Complesso Monti di Santa Ninfa - Gibellina e Grotta di Santa Ninfa (ITA010022) | 783 ha |
| | Complesso Pizzo Dipilo e Querceti su calcare (ITA020017) | 4.387 ha |
| | Conca del Salto (ITA080011) | 291 ha |
| | Contrada Caprara (ITA060011) | 1.131 ha |
| | Contrada Giammaiano (ITA060008) | 577 ha |
| | Contrada Religione (ITA080008) | 194 ha |
| | Contrada Sorbera e Contrada Gibiotti (ITA070027) | 1.439 ha |
| | Contrada Valanghe (ITA060015) | 2.339 ha |
| | Cozzo Ogliastri (ITA090024) | 1.598 ha |
| | Dammusi (ITA070010) | 2.051 ha |
| | Dorsale Curcuraci, Antennamare (ITA030011) | 11.483 ha |
| | Fascia altomontana dell'Etna (ITA070009) | 5.951 ha |
| | Fiumara di Floresta (ITA030037) | 2.096 ha |
| | Fiume Fiumedinisi, Monte Scuderi (ITA030010) | 7.198 ha |
| | Fiume San Paolo (ITA030020) | 1.357 ha |
| | Fiume Tellesimo (ITA090018) | 1.315 ha |
| | Foce del Fiume Irminio (ITA080001) | 189 ha |
| | Foce del Fiume Pollina e Monte Tardara (ITA020018) | 2.095 ha |
| | Foce del Fiume Simeto e Lago Gornalunga (ITA070001) | 1.837 ha |
| | Foce del Fiume Verdura (ITA040004) | 887 ha |
| | Foce del Magazzolo, Foce del Platani, Capo Bianco, Torre Salsa (ITA040003) | 1.236 ha |
| | Foce del Torrente Calatubo e dune (ITA010018) | 108 ha |
| | Fondali del Golfo di Custonaci (ITA010025) | 100 ha |
| | Fondali del Plemmirio (ITA090030) | 100 ha |
| | Fondali dell'Arcipelago delle Isole Egadi (ITA010024) | 93 ha |
| | Fondali dell'isola dello Stagnone di Marsala (ITA010026) | 100 ha |
| | Fondali dell'isola di Capo Passero (ITA090028) | 100 ha |
| | Fondali dell'isola di Salina (ITA030041) | 100 ha |
| | Fondali dell'isola di Ustica (ITA020046) | 100 ha |
| | Fondali delle Isole Pelagie (ITA040014) | 100 ha |
| | Fondali dello Zingaro (ITA010032) | 2.619 ha |
| | Fondali di Acicastello (Isola Lachea - Ciclopi) (ITA070028) | 100 ha |
| | Fondali di Brucoli - Agnone (ITA090026) | 100 ha |
| | Fondali di Capo Milazzo (ITA030045) | 748 ha |
| | Fondali di Capo San Marco - Sciacca (ITA040012) | 100 ha |
| | Fondali di Capo Zafferano (ITA020052) | 2.514 ha |
| | Fondali di Isola delle Femmine - Capo Gallo (ITA020047) | 100 ha |
| | Fondali di Taormina - Isola Bella (ITA030040) | 100 ha |
| | Fondali di Torre Salsa (ITA040016) | 12.730 ha |
| | Fondali di Vendicari (ITA090027) | 100 ha |
| | Fondali Foce del Fiume Irminio (ITA080010) | 100 ha |
| | Forre laviche del Fiume Simeto (ITA070026) | 1.377 ha |
| | Grotta Monello (ITA090011) | 61 ha |
| | Grotta Palombara (ITA090012) | 61 ha |
| | Isola Bella, Capo Taormina e Capo S. Andrea (ITA030031) | 22 ha |
| | Isola Correnti, Pantani di Punta Pilieri, chiusa dell'Alga e Parrino (ITA090010) | 146 ha |
| | Isola dei Porri (ITA080005) | 96 ha |
| | Isola delle Femmine (ITA020005) | 8 ha |
| | Isola di Alicudi (ITA030023) | 389 ha |
| | Isola di Capo Passero (ITA090001) | 37 ha |
| | Isola di Favignana (ITA010004) | 2 ha |
| | Isola di Filicudi (ITA030024) | 779 ha |
| | Isola di Lampedusa e Lampione (ITA040002) | 7 ha |
| | Isola di Levanzo (ITA010003) | 2 ha |
| | Isola di Linosa (ITA040001) | 8 ha |
| | Isola di Lipari (ITA030030) | 2.476 ha |
| | Isola di Marettimo (ITA010002) | 2 ha |
| | Isola di Panarea e Scogli Viciniori (ITA030025) | 259 ha |
| | Isola di Pantelleria - Area Costiera, Falesie e Bagno dell'Acqua (ITA010020) | 10 ha |
| | Isola di Pantelleria e area marina circostante (ITA010030) | 59 ha |
| | Isola di Pantelleria: Montagna Grande e Monte Gibele (ITA010019) | 3.099 ha |
| | Isola di Salina (Monte Fossa delle Felci e dei Porri) (ITA030028) | 665 ha |
| | Isola di Salina (Stagno di Lingua) (ITA030029) | 1.234 ha |
| | Isola di Ustica (ITA020010) | 5 ha |
| | Isola di Vulcano (ITA030027) | 1.608 ha |
| | Isole dei Ciclopi (ITA070006) | 1 ha |
| | Isole dello Stagnone di Marsala (ITA010001) | 241 ha |
| | Isole di Stromboli e Strombolicchio (ITA030026) | 1.057 ha |
| | La Gurna (ITA070003) | 41 ha |
| | La Montagnola e Acqua Fitusa (ITA040011) | 311 ha |
| | Laghetti di Preola e Gorghi Tondi e Sciare di Mazara (ITA010005) | 1.511 ha |
| | Laghetti di Preola e Gorghi Tondi, Sciare di Mazara e Pantano Leone (ITA010031) | 1.652 ha |
| | Lago di Ancipa (ITA060005) | 1.519 ha |
| | Lago di Pergusa (ITA060002) | 428 ha |
| | Lago di Piana degli Albanesi (ITA020013) | 637 ha |
| | Lago di Pozzillo (ITA060003) | 3.393 ha |
| | Lago Gurrida e Sciare di S. Venera (ITA070019) | 1.519 ha |
| | Lago Ogliastro (ITA060001) | 1.136 ha |
| | Lago Sfondato (ITA050005) | 126 ha |
| | Lago Soprano (ITA050003) | 92 ha |
| | Laguna di Oliveri - Tindari (ITA030012) | 5 ha |
| | Lecceta di S. Fratello (ITA030022) | 391 ha |
| | Litorale di Palma di Montechiaro (ITA040010) | 1 ha |
| | Maccalube di Aragona (ITA040008) | 436 ha |
| | Marausa: Macchia a Quercus calliprinos (ITA010012) | 3 ha |
| | Montagna Grande di Salemi (ITA010023) | 1.321 ha |
| | Montagna Longa, Pizzo Montanello (ITA020021) | 4.923 ha |
| | Monte Altesina (ITA060004) | 1.323 ha |
| | Monte Arso (ITA070024) | 124 ha |
| | Monte Baracca, Contrada Giarrita (ITA070014) | 1.716 ha |
| | Monte Bonifato (ITA010009) | 322 ha |
| | Monte Cammarata - Contrada Salaci (ITA040005) | 2.107 ha |
| | Monte Cane, Pizzo Selva a Mare, Monte Trigna (ITA020039) | 4.944 ha |
| | Monte Capodarso e Valle del Fiume Imera Meridionale (ITA050004) | 2.288 ha |
| | Monte Carcaci, Pizzo Colobria e ambienti umidi (ITA020034) | 1.869 ha |
| | Monte Chiapparo (ITA060014) | 1.877 ha |
| | Monte Cofano e Litorale (ITA010016) | 1 ha |
| | Monte Cofano, Capo San Vito e Monte Sparagio (ITA010029) | 15.231 ha |
| | Monte Conca (ITA050006) | 1.407 ha |
| | Monte d'Indisi, Montagna dei Cavalli, Pizzo Pontorno e Pian del Leone (ITA020031) | 2.432 ha |
| | Monte Genuardo e Santa Maria del Bosco (ITA020035) | 2.683 ha |
| | Monte Grifone (ITA020044) | 1.705 ha |
| | Monte Iato, Kumeta, Maganoce e Pizzo Parrino (ITA020027) | 3.034 ha |
| | Monte Lauro (ITA090023) | 1.706 ha |
| | Monte Matassaro, Monte Gradara e Monte Signora (ITA020030) | 3.989 ha |
| | Monte Minardo (ITA070023) | 501 ha |
| | Monte Pecoraro e Pizzo Cirina (ITA020049) | 8.603 ha |
| | Monte Pelato (ITA030039) | 3.908 ha |
| | Monte Pellegrino (ITA020014) | 1 ha |
| | Monte Pizzuta, Costa del Carpineto, Moarda (ITA020026) | 1.949 ha |
| | Monte Quacella, Monte dei Cervi, Pizzo Carbonara, Monte Ferro, Pizzo Otiero (ITA020016) | 8.355 ha |
| | Monte Rosamarina e Cozzo Famò (ITA020043) | 236 ha |
| | Monte Rose e Monte Pernice (ITA020029) | 2.529 ha |
| | Monte S. Salvatore, Monte Catarineci, Vallone Mandarini, ambienti umidi (ITA020004) | 5.815 ha |
| | Monte Sambughetti, Monte Campanito (ITA060006) | 3.670 ha |
| | Monte San Calogero (Gangi) (ITA020041) | 174 ha |
| | Monte San Calogero (Sciacca) (ITA040009) | 127 ha |
| | Monte San Calogero (Termini Imerese) (ITA020033) | 2.799 ha |
| | Monte San Giuliano (ITA010010) | 1 ha |
| | Monte Triona e Monte Colomba (ITA020036) | 3.313 ha |
| | Monte Zimmara (Gangi) (ITA020040) | 1.783 ha |
| | Monti Barracù, Cardelia, Pizzo Cangialosi e Gole del Torrente Corleone (ITA020037) | 5.351 ha |
| | Monti Climiti (ITA090020) | 2.972 ha |
| | Monti Nebrodi (ITA030043) | 70.529 ha |
| | Monti Peloritani, Dorsale Curcuraci, Antennamare e area marina dello stretto di Messina (ITA030042) | 29 ha |
| | Monti Sicani, Rocca Busambra e Bosco della Ficuzza (ITA020048) | 59.355 ha |
| | Paludi di Capo Feto e Margi Spanò (ITA010006) | 350 ha |
| | Pantani della Sicilia sud orientale (ITA090003) | 1.601 ha |
| | Pantani della Sicilia sud-orientale, Morghella, di Marzamemi, di Punta Pilieri e Vendicari (ITA090029) | 3.559 ha |
| | Pantani di Anguillara (ITA010034) | 124 ha |
| | Pantano di Marzamemi (ITA090005) | 31 ha |
| | Pantano Morghella (ITA090004) | 263 ha |
| | Parco delle Madonie (ITA020050) | 40.860 ha |
| | Piano dei Grilli (ITA070018) | 1.239 ha |
| | Pineta di Adrano e Biancavilla (ITA070012) | 2.347 ha |
| | Pineta di Linguaglossa (ITA070013) | 605 ha |
| | Pizzo della Battaglia (ITA030016) | 894 ha |
| | Pizzo della Rondine, Bosco di S. Stefano Quisquina (ITA040007) | 3.160 ha |
| | Pizzo Fau, Monte Pomiere, Pizzo Bidi e Serra della Testa (ITA030014) | 8.558 ha |
| | Pizzo Michele (ITA030018) | 2.817 ha |
| | Pizzo Mualio, Montagna di Vernà (ITA030009) | 1.615 ha |
| | Pizzo Muculufa (ITA050010) | 969 ha |
| | Poggio S. Maria (ITA070011) | 807 ha |
| | Punta Braccetto, Contrada Cammarana (ITA080004) | 476 ha |
| | Querceti sempreverdi di Geraci Siculo e Castelbuono (ITA020020) | 3.380 ha |
| | Raffo Rosso, Monte Cuccio e Vallone Sagana (ITA020023) | 1 ha |
| | Riserva naturale del Fiume Alcantara (ITA030036) | 980 ha |
| | Riserva naturale Fiume Fiumefreddo (ITA070002) | 108 ha |
| | Rocca Busambra e Rocche di Rao (ITA020008) | 6.243 ha |
| | Rocca di Cefalù (ITA020001) | 36 ha |
| | Rocca di Novara (ITA030006) | 1.413 ha |
| | Rocca di Sciara (ITA020045) | 400 ha |
| | Rocche di Alcara Li Fusi (ITA030013) | 2.183 ha |
| | Rocche di Castronuovo, Pizzo Lupo, Gurghi di S. Andrea (ITA020011) | 1.795 ha |
| | Rocche di Ciminna (ITA020024) | 1.139 ha |
| | Rocche di Entella (ITA020042) | 178 ha |
| | Rocche di Roccella Valdemone (ITA030034) | 863 ha |
| | Rupe di Falconara (ITA050008) | 138 ha |
| | Rupe di Marianopoli (ITA050009) | 1.161 ha |
| | Rupi di Catalfano e Capo Zafferano (ITA020019) | 2 ha |
| | Rupi di Taormina e Monte Veneretta (ITA030003) | 608 ha |
| | Saline di Augusta (ITA090014) | 36 ha |
| | Saline di Marsala (ITA010021) | 315 ha |
| | Saline di Priolo (ITA090013) | 232 ha |
| | Saline di Siracusa e Fiume Ciane (ITA090006) | 5 ha |
| | Saline di Trapani (ITA010007) | 1 ha |
| | Scala dei Turchi (ITA040015) | 30 ha |
| | Sciare di Marsala (ITA010014) | 4.577 ha |
| | Sciare di Roccazzo della Bandiera (ITA070017) | 2.760 ha |
| | Serra del Leone e Monte Stagnataro (ITA020028) | 3.750 ha |
| | Serra del Re, Monte Soro e Biviere di Cesarò (ITA030038) | 21.318 ha |
| | Serre di Monte Cannarella (ITA060013) | 1.222 ha |
| | Sistema dunale Capo Granitola, Porto Palo e Foce del Belice (ITA010011) | 538 ha |
| | Spiaggia Maganuco (ITA080007) | 168 ha |
| | Stagnone di Marsala e Saline di Trapani - area marina e terrestre (ITA010028) | 49 ha |
| | Stretta di Longi (ITA030001) | 946 ha |
| | Sughereta di Niscemi (ITA050007) | 3.213 ha |
| | Sugherete di Contrada Serradaino (ITA020038) | 341 ha |
| | Timpa di Acireale (ITA070004) | 236 ha |
| | Torre Manfria (ITA050011) | 720 ha |
| | Torre Manfria, Biviere e Piana di Gela (ITA050012) | 11 ha |
| | Torrente Fiumetto e Pizzo d'Uncina (ITA030002) | 1.516 ha |
| | Torrente Prainito (ITA080012) | 201 ha |
| | Torrente San Cataldo (ITA030021) | 868 ha |
| | Torrente Sapillone (ITA090015) | 699 ha |
| | Torrente Vaccarizzo (tratto terminale) (ITA050002) | 440 ha |
| | Tratto di Pietralunga del Fiume Simeto (ITA070025) | 748 ha |
| | Tratto Montano del Bacino della Fiumara di Agrò (ITA030019) | 4.536 ha |
| | Vallata del Fiume Ippari (Pineta di Vittoria) (ITA080003) | 2.692 ha |
| | Valle del Bove (ITA070016) | 3.101 ha |
| | Valle del Fiume Anapo, Cavagrande del Calcinara, Cugni di Sortino (ITA090009) | 4.698 ha |
| | Valle del Fiume Caronia, Lago Zilio (ITA030015) | 876 ha |
| | Valle del Fiume Oreto (ITA020012) | 158 ha |
| | Vallone di Piano della Corte (ITA060007) | 450 ha |
| | Vallone Laccaretta e Urio Quattrocchi (ITA030017) | 3.569 ha |
| | Vallone Rossomanno (ITA060010) | 2.357 ha |
| | Vendicari (ITA090002) | 1.517 ha |