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La Riserva, situata nella laguna di ponente, comprende l'omonima Oasi gestita dal WWF, al cui interno è posta la Riserva Naturale Statale, il bosco di Patanella, e l'isolotto di Neghelli; le località di Stagnone e Stagnino ricadono invece in area contigua. E' compresa nella Zona Umida di Importanza Internazionale Laguna di Orbetello. La laguna è divisa dal mare dal Tombolo della Giannella, che unisce la costa maremmana al Promontorio dell'Argentario, mentre un tombolo incompleto (sul quale sorge Orbetello), prolungato con una diga artificiale, la separa dal bacino di Levante.