L'intero corso del fiume Alento e parte dei suoi affluenti rientrano all'interno di un'area SIC, Sito di Importanza Comunitaria. I SIC sono stati introdotti dalla direttiva "Habitat" della Comunità Europea con lo scopo di contribuire a salvaguardare la biodiversità mediante attività di conservazione, non solo all'interno delle aree che costituiscono la rete Natura 2000, ma anche con misure di tutela diretta delle specie la cui conservazione è considerata un interesse comune di tutta l'Unione. Il fiume Alento, che nasce e sfocia in aree all'interno del Parco Nazionale del Cilento e Vallo di Diano, lungo il suo percorso incontra zone naturali caratterizzate dalla tipica macchia mediterranea, ma anche zone segnate dall'intervento antropico, come la Diga dell'Alento o le zone umide seminaturali più a valle. L'area è caratterizzata dalla presenza di specie minacciate, come la lontra, presente soprattutto negli affluenti, o di difficile avvistamento, come l'occhione e la ghiandaia marina.