La ZPS Monte Generoso si trova in provincia di Como, nel Comune di Pellio Intelvi e confina nella parte sud occidentale con la Confederazione Elvetica (Svizzera), con la quale condivide i versanti del Monte Generoso.
Ubicata sul versante settentrionale, l'area ricade tra i bacini idrografici della Valle dell'Inferno, della Valle di Gotta e della Valle Breggia, su una superficie di 237 ettari che si sovrappone alla Foresta del Monte Generoso, area di proprietà regionale in gestione ad ERSAF.