Il sito racchiude tutto il corso inferiore e la foce del fiume Isonzo in cui sono rappresentati molti habitat prioritari, spesso in uno stato di conservazione non molto buono. E' presente Salicornia veneta, una delle rarissime popolazioni di Bassia hirsuta e di Limonium densissimum. L'area riveste importanza internazionale quale habitat per uccelli acquatici, come ad esempio: Fischione (Anas penelope - fino a 25000 individui) e Anatidae svernanti (complessivamente oltre 30000). E' di primaria rilevanza anche per gli interventi di ripristino ambientale recentemente attuati nonché per il tipo di gestione che consente l'abbondante presenza di uccelli migratori in genere, fra i quali anche molti passeriformi oggetto di studi grazie all'esistenza di una stazione di inanellamento. La Stazione Biologica della Cona cataloga un totale di 311 specie di uccelli sinora segnalate. Le popolazioni di Puzzola (Mustela putorius) in queste zone sono abbastanza floride. E stata trovata di recente una femmina di Gatto selvatico (Felis silvestris). Comuni o molto comuni anche Emys orbicularis, Arvicola terrestris italicus, Hyla intermedia. Le presenze di Tartaruga marina (Caretta caretta) e Tursiops truncatus sono relativamente frequenti ma sempre episodiche e legate esclusivamente a questioni trofiche. E confermata la presenza di Vertigo angustior e di Helix pomatia. Nelle aree salmastre, anche in quelle ricavate con interventi di ripristino, sono presenti specie ittiche eurialine come Pomatoschistus canestrinii, Knipowitschia panizzae e Aphanius fasciatus. Alosa fallax risale ancora l'Isonzo a partire dalla tarda primavera. Per la zona si conoscono catture sporadiche e non recenti di Storione cobice (Acipenser naccarii). Chelonia mydas è stata certamente segnalata in queste acque soltanto nel corso del 2007.