Lo specchio d'acqua principale, di circa 10.000 ettari, presenta acque aperte nella parte centrale e complessi sistemi di dossi, barene e cordoni dunosi emergenti nelle zone perimetrali.
Il fiume Reno e le acque di drenaggio della bonifica costituiscono i principali afflussi di acque dolci, mentre le acque salate entrano dal mare Adriatico attraverso tre canali immissari.
Sono presenti 4 habitat di interesse comunitario, 2 dei quali prioritari, coprono il 75% della superficie del sito: lagune costiere*, pascoli inondati mediterranei (Juncetalia maritimi), steppe salate mediterranee (Limonetalia), foreste a galleria di Salix alba e Populus alba.
E' presente Salicornia veneta, specie di interesse comunitario prioritaria. Sono segnalate specie rare e/o minacciate quali Bassia hirsuta, Plantago cornuti, Limonium bellidifolium, Triglochin maritimum, Bassia hirsuta, Halocnemum strobilaceum.
Sono almeno 37 le specie di interesse comunitario regolarmente presenti nel sito. L'ampia laguna e i bacini d'acqua dolce rappresentano un ambiente elettivo per la sosta, l'alimentazione e la nidificazione di una diversissima avifauna acquatica.