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L'area protetta è stata istituita per tutelare un'area semi-naturale di importanza floristica e avifaunistica. Pur ricadendo ai margini di una zona intensamente urbanizzata gli stagni ospitano specie di flora, vegetazione e fauna degne di nota. Gli stagni di Focognano, al pari dell'A.N.P.I.L. Podere La Querciola, sono situati nella piana di Sesto F.no, porzione orientale della più vasta pianura che si estende tra Firenze e Pistoia, pur ricadendo amministrativamente nel territorio comunale di Campi Bisenzio.