Il Museo Civico di Storia Naturale (Musée civique d'histoire naturelle) est né dans le contexte des Giardini Naxos en octobre 2001.
Il couvre une superficie de 340 mètres carrés. À l'intérieur, on trouve des collections du monde entier, des collections minéralogiques, paléontologiques et malacologiques, en plus d'une magnifique collection d'ambre et des organismes marins provenant des profondeurs du détroit de Messine.