Dal punto di vista della geomorfologia, il Bosco delle Querce è collocato nell'alta pianura diluviale, a circa 210 metri sul livello del mare, presso il margine tra l'area collinosa degli archi morenici a nord e le spianate terrazzate dei depositi fluvio-glaciali, dovuti allo smaltimento erosivi degli accumuli morenici a sud. Il sottosuolo dei depositi fluvio-glaciali è permeabile, con una composizione prevalentemente ghiaino-sabbiosa.
Nel 1992, dato che il parco aveva assunto ormai una forma più precisa, grazie a una evoluzione positiva dell'ecosistema e che sarebbe stato aperto al pubblico, l'Azienda regionale delle Foreste individuò una vera e propria zonizzazione del parco, sulla base di destinazioni funzionali specifiche.
Venne suddiviso in 5 tipologie di aree definite da uno studio vocazionale, ripartite in aree paesaggistiche (5 ettari), aree naturalistiche (16,5 ettari), aree ricreative intensive (7,2 ettari, aree ricreative estensive (8 ettari) e aree di rispetto (6 ettari), per un totale di 42,7 ettari.
Il Bosco delle Querce di Seveso e Meda è stato interamente costruito dall'uomo con l'intento di dar vita ad un bosco con caratteristiche simili a quelle dei vicini boschi originari, costituiti in prevalenza da Farnia, Pino silvestre, Betulla, Carpino bianco, Ontano nero e Salice bianco.
La tipologia più diffusa è infatti rappresentata dal prato alberato, a cui si alternano zone ad arbusteto, diffuso soprattutto in corrispondenza delle colline di Seveso e di Meda. All'interno di questa matrice, si inserisce un bosco ad evoluzione spontanea, caratterizzato da un ricco sottobosco, che costituisce un'area a vocazione naturalistica ad accesso limitato.
L'origine artificiale del Bosco delle Querce e il suo isolamento dal resto del territorio hanno reso l'intera area difficilmente raggiungibile da animali che non abbiano una mobilità particolare come gli uccelli. In particolare la presenza di infrastrutture a sviluppo lineare così impattanti come la superstrada Milano-Meda interrompe la continuità ambientale ed ostacola fortemente la mobilità della fauna selvatica.