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Il territorio del PLIS è compreso tra quote di 1380 m s.l.m. (M. Grione, in comune di Endine) e di 335,6 m s.l.m. a Spinone al Lago, dove nasce il Cherio, l'unico emissario del lago, che percorre circa 24 km prima di confluire con l'Oglio presso Palosco. L'area presenta un andamento nord-est/sud-ovest; ciò causa una netta differenziazione nelle condizioni di esposizione dei versanti montuosi che la racchiudono e che contribuiscono a creare condizioni ambientali molto differenti in base a cui, nell'area, possono coesistere diverse tipologie vegetazionali.
Nei mesi invernali, inoltre, la persistente mancanza di irraggiamento diretto di buona parte della superficie del lago favorisce lo sviluppo di uno spesso strato di ghiaccio.