| | Boschi di Castellino e Morrone (IT7222264) | 2.761 ha |
| | Boschi di Pesco del Corvo (IT7222246) | 255 ha |
| | Boschi tra Fiume Saccione e Torrente Tona (IT7222266) | 993 ha |
| | Bosco Casale - Cerro del Ruccolo (IT7222250) | 866 ha |
| | Bosco Cerreto (IT7222252) | 1.076 ha |
| | Bosco di Cercemaggiore - Castelpagano (IT7222103) | 500 ha |
| | Bosco di Collemeluccio - Selvapiana - Castiglione - La Cocozza (IT7212134) | 6.239 ha |
| | Bosco Difesa (Ripabottoni) (IT7222251) | 830 ha |
| | Bosco Ficarola (IT7222253) | 717 ha |
| | Bosco la Difesa (IT7222101) | 458 ha |
| | Bosco Mazzocca - Castelvetere (IT7222102) | 822 ha |
| | Bosco S. Martino e S. Nazzario (IT7222258) | 928 ha |
| | Bosco Tanassi (IT7228228) | 126 ha |
| | Calanchi di Castropignano e Limosano (IT7222260) | 171 ha |
| | Calanchi di Civitacampomarano (IT7222256) | 578 ha |
| | Calanchi di Montenero (IT7222213) | 121 ha |
| | Calanchi Lamaturo (IT7222215) | 623 ha |
| | Calanchi Pisciarello - Macchia Manes (IT7222214) | 523 ha |
| | Calanchi Succida - Tappino (IT7222108) | 229 ha |
| | Calanchi Vallacchione di Lucito (IT7222244) | 218 ha |
| | Cerreta di Acquaviva (IT7222210) | 105 ha |
| | Colle Crocella (IT7222263) | 293 ha |
| | Colle Geppino - Bosco Popolo (IT7212297) | 427 ha |
| | Colle Gessaro (IT7222212) | 664 ha |
| | Fiume Biferno (confluenza Cigno - alla foce esclusa) (IT7222237) | 133 ha |
| | Fiume Trigno (confluenza Verrino - Castellelce) (IT7222127) | 871 ha |
| | Foce Biferno - Litorale di Campomarino (IT7222216) | 817 ha |
| | Foce Saccione - Bonifica Ramitelli (IT7222217) | 870 ha |
| | Foce Trigno - Marina di Petacciato (IT7228221) | 747 ha |
| | La Civita (IT7222241) | 68 ha |
| | La Gallinola - Monte Miletto - Monti del Matese (IT7222287) | 25.002 ha |
| | Lago Calcarelle (IT7222130) | 3 ha |
| | Lago di Guardialfiera - Foce fiume Biferno (IT7228230) | 28.724 ha |
| | Lago di Guardialfiera - M. Peloso (IT7222249) | 2.848 ha |
| | Lago di Occhito (IT7222248) | 2.454 ha |
| | Località Boschetto (IT7222111) | 544 ha |
| | Località Fantina - Fiume Fortore (IT7222267) | 365 ha |
| | M. di Trivento - B. Difesa C.S. Pietro - B. Fiorano - B. Ferrara (IT7222236) | 3.111 ha |
| | Macchia Nera - Colle Serracina (IT7228226) | 525 ha |
| | Montagnola Molisana (IT7212135) | 6.586 ha |
| | Monte Mauro - Selva di Montefalcone (IT7222211) | 502 ha |
| | Monte Peloso (IT7222257) | 32 ha |
| | Monte Saraceno (IT7222109) | 241 ha |
| | Monte Vairano (IT7222295) | 692 ha |
| | Morge Ternosa e S. Michele (IT7222262) | 78 ha |
| | Morgia dell'Eremita (IT7222261) | 12 ha |
| | Morgia di Pietracupa - Morgia di Pietravalle (IT7222242) | 269 ha |
| | Pesco della Carta (IT7222105) | 11 ha |
| | Rocca di Monteverde (IT7222118) | 68 ha |
| | Rocca Monforte (IT7222125) | 26 ha |
| | S. Maria delle Grazie (IT7222110) | 55 ha |
| | Sella di Vinchiaturo (IT7222296) | 978 ha |
| | Toppo Fornelli (IT7222106) | 19 ha |
| | Torrente Cigno (IT7222254) | 268 ha |
| | Torrente Rivo (IT7222238) | 917 ha |
| | Torrente Tappino - Colle Ricchetta (IT7222104) | 347 ha |
| | Torrente Tona (IT7222265) | 393 ha |
| | Valle Biferno da confluenza Torrente Quirino al Lago Guardalfiera - Torrente Rio (IT7222247) | 368 ha |
| | Valle Biferno dalla diga a Guglionesi (IT7228229) | 356 ha |
| | Vallone S. Maria (IT7222124) | 1.973 ha |