| | | Accadia - Deliceto (IT9110033) | 3.523 ha |
| | | Alimini (IT9150011) | 60 ha |
| | | Aquatina di Frigole (IT9150003) | 95 ha |
| | | Area delle Gravine (IT9130007) | 26.740 ha |
| | | Boschetto di Tricase (IT9150005) | 4 ha |
| | | Bosco Chiuso di Presicce (IT9150017) | 11 ha |
| | | Bosco Curtipetrizzi (IT9140007) | 57 ha |
| | | Bosco Danieli (IT9150023) | 14 ha |
| | | Bosco di Cardigliano (IT9150012) | 54 ha |
| | | Bosco di Cervalora (IT9150029) | 29 ha |
| | | Bosco di Mesola (IT9120003) | 3.029 ha |
| | | Bosco di Otranto (IT9150016) | 9 ha |
| | | Bosco di Santa Teresa (IT9140006) | 36 ha |
| | | Bosco Difesa Grande (IT9120008) | 5.268 ha |
| | | Bosco Guarini (IT9150001) | 20 ha |
| | | Bosco I Lucci (IT9140004) | 26 ha |
| | | Bosco Jancuglia - Monte Castello (IT9110027) | 4.456 ha |
| | | Bosco La Lizza e Macchia del Pagliarone (IT9150030) | 476 ha |
| | | Bosco le Chiuse (IT9150021) | 37 ha |
| | | Bosco Macchia di Ponente (IT9150010) | 13 ha |
| | | Bosco Pecorara (IT9150020) | 24 ha |
| | | Bosco Quarto - Monte Spigno (IT9110030) | 7.862 ha |
| | | Bosco Serra dei Cianci (IT9150018) | 48 ha |
| | | Bosco Tramazzone (IT9140001) | 4.406 ha |
| | | Castagneto Pia, Lapolda, Monte la Serra (IT9110024) | 689 ha |
| | | Costa Otranto - Santa Maria di Leuca (IT9150002) | 5 ha |
| | | Duna di Campomarino (IT9130003) | 80 ha |
| | | Duna e Lago di Lesina - Foce del Fortore (IT9110015) | 9.823 ha |
| | | Falascone (IT9110017) | 57 ha |
| | | Foce Canale Giancola (IT9140009) | 54 ha |
| | | Foresta Umbra (IT9110004) | 20.656 ha |
| | | Foresta umbra (IT9110018) | 30.467 ha |
| | | Grotte di Castellana (IT9120001) | 61 ha |
| | | Ischitella e Carpino (IT9110036) | 314 ha |
| | | Isola e Lago di Varano (IT9110001) | 8.146 ha |
| | | Isole Tremiti (IT9110011) | 372 ha |
| | | Isole Tremiti (IT9110040) | 342 ha |
| | | Laghi di Conversano (IT9120006) | 218 ha |
| | | Laghi di Lesina e Varano (IT9110037) | 15.195 ha |
| | | Lago del Capraro (IT9150036) | 39 ha |
| | | Lago di Lesina (sacca orientale) (IT9110031) | 927 ha |
| | | Le Cesine (IT9150014) | 647 ha |
| | | Le Cesine (IT9150032) | 60 ha |
| | | Litorale Brindisino (IT9140002) | 95 ha |
| | | Litorale di Gallipoli e Isola S. Andrea (IT9150015) | 95 ha |
| | | Litorale di Ugento (IT9150009) | 85 ha |
| | | Manacore del Gargano (IT9110025) | n/a |
| | | Mar Piccolo (IT9130004) | 1.374 ha |
| | | Masseria Torre Bianca (IT9130002) | 583 ha |
| | | Masseria Zanzara (IT9150031) | 49 ha |
| | | Montagna Spaccata e Rupi di San Mauro (IT9150008) | 80 ha |
| | | Monte Barone (IT9110010) | 177 ha |
| | | Monte Calvo - Piana di Montenero (IT9110026) | 7.620 ha |
| | | Monte Cornacchia - Bosco Faeto (IT9110003) | 6.925 ha |
| | | Monte Sambuco (IT9110035) | 7.892 ha |
| | | Monte Saraceno (IT9110014) | 1 ha |
| | | Murgia Alta (IT9120007) | 125.882 ha |
| | | Murgia dei Trulli (IT9120002) | 5.457 ha |
| | | Murgia di Sud - Est (IT9130005) | 47.601 ha |
| | | Padula Mancina (IT9150035) | 92 ha |
| | | Palude dei Tamari (IT9150022) | 11 ha |
| | | Palude del Capitano (IT9150013) | 95 ha |
| | | Palude del Conte, dune di Punta Prosciutto (IT9150027) | 90 ha |
| | | Palude di Frattarolo (IT9110007) | 257 ha |
| | | Paludi presso il Golfo di Manfredonia (IT9110038) | 14.437 ha |
| | | Parco delle Querce di Castro (IT9150019) | 4 ha |
| | | Pineta Marzini (IT9110016) | 787 ha |
| | | Pinete dell'Arco Ionico (IT9130006) | 3.686 ha |
| | | Porto Cesareo (IT9150028) | 25 ha |
| | | Posidonieto Capo San Gregorio - Punta Ristola (IT9150034) | 100 ha |
| | | Posidonieto Isola di San Pietro - Torre Canneto (IT9130008) | 3.148 ha |
| | | Posidonieto San Vito - Barletta (IT9120009) | 12.459 ha |
| | | Pozzo Cucù (IT9120010) | 59 ha |
| | | Promontorio del Gargano (IT9110039) | 70.012 ha |
| | | Rauccio (IT9150006) | 90 ha |
| | | Saline di Margherita di Savoia (IT9110006) | 49 ha |
| | | Scoglio dell'Eremita (IT9120012) | 97 ha |
| | | Sfilzi (IT9110019) | 69 ha |
| | | Specchia dell'Alto (IT9150033) | 436 ha |
| | | Stagni e Saline di Punta della Contessa (IT9140003) | 90 ha |
| | | Testa del Gargano (IT9110012) | 5.658 ha |
| | | Torre Colimena (IT9130001) | 65 ha |
| | | Torre dell'Orso (IT9150004) | 1 ha |
| | | Torre Guaceto (IT9140008) | 548 ha |
| | | Torre Guaceto e Macchia S. Giovanni (IT9140005) | 95 ha |
| | | Torre Inserraglio (IT9150024) | 100 ha |
| | | Torre Uluzzo (IT9150007) | 1 ha |
| | | Torre Veneri (IT9150025) | 80 ha |
| | | Valle del Cervaro, Bosco dell'Incoronata (IT9110032) | 5.769 ha |
| | | Valle Fortore, Lago di Occhito (IT9110002) | 8.369 ha |
| | | Valle Ofanto - Lago di Capaciotti (IT9120011) | 7.572 ha |
| | | Valloni di Mattinata - Monte Sacro (IT9110009) | 6.510 ha |
| | | Valloni di Spinazzola (IT9150041) | 2.729 ha |
| | | Valloni e Steppe Pedegarganiche (IT9110008) | 29.817 ha |
| | | Zone umide della Capitanata (IT9110005) | 14.110 ha |
Ophrys aus der Alta Murgia (PN Alta Murgia) (photo by Nicola Cillo)
