Questi territori sono stati frequentati dall'uomo fin dalla preistoria. Infatti nelle Isole di Toscana, sono presenti circa 30 siti preistorici, numerosi siti etruschi collegati alle attività minerarie e alcuni resti di ville romane maritimae. In questo arcipelago l'uomo nei secoli si è integrato con la natura plasmandola e sfruttandone le risorse. Grazie alla conservazione della sua eccezionale geodiversità e della straordinaria biodiversità, qui si trovano rare specie endemiche di natura vegetale e animale, nonché una ricca popolazione bentonica ed ittica.
I principali tipi di habitat sono caratterizzati da boschi sempreverdi di sclerofilla, pinete mediterranee e macchia mediterranea, nonché boschi di castagni e querce caducifoglie. Tra le specie rare ed endemiche delle isole vi sono il falco pellegrino (Falco peregrinus), il pipistrello mediterraneo a ferro di cavallo (Rhinolophus euryale) e la rondine dalla chioma rossa (Cecropis daurica), gravemente minacciata.
Buona parte del territorio è soggetto a protezione naturalistica, grazie: alla presenza del Parco Nazionale dell'Arcipelago Toscano – il più grande parco marino d'Europa e soggetto coordinatore della Riserva della Biosfera - ai 15 siti della Rete Natura 2000 (secondo le direttive "Habitat" e "Uccelli" CEE) e ad una porzione significativa del Santuario Internazionale dei Mammiferi marini del Mediterraneo.
La principale attività economica è legata al turismo, ancora prevalentemente balneare, ma sempre più connesso alla conoscenza della natura ed esperienziale. Altre attività economiche sono l'agricoltura e la pesca, seppur con un impatto minore a livello ambientale e socio-economico rispetto al turismo e ad esso fortemente connesse.