Della riserva fanno parte sia la zona paludosa che il tombolo costiero e la pineta retrodunale. Consiste in un vasto ambiente palustre, con una profondità media di 30-40 cm, che comunica indirettamente con il mare tramite canalizzazione. Costituisce un lembo residuo di una zona umida salmastra di 120 km2, in parte formata da acque aperte (lago di Prile), trasformatasi in palude con il progressivo chiudersi del tombolo che la separava dal mare e successivamente bonificata con le colmate dei fiumi Bruna e Ombrone.