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L'origine di Filicudi è comune a quella delle altre isole dell'arcipelago eoliano e si lega all'intensa attività geotettonica del Mediterraneo nell'era Quaternaria, con stabilizzazione della catena appenninica avvenuta nell'era Terziaria. La vegetazione è fondamentalmente arbustiva e tipicamente mediterranea, caratterizzata da forti cespugli sempreverdi adattati ad un regime di scarsa piovosità e ai venti intensi. La fauna è povera come in tutte le isole vulcaniche lontane dalla terraferma.