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Linosa è un'isola vulcanica, poggia su un fondale sabbioso ed ha iniziato la sua attività alla profondità di circa 1.000 m. E' costituita da quattro centri eruttivi: Monte Rosso, la vetta più alta, Monte Vulcano a sud-est, Monte Bandiera, ai cui piedi sorge il centro abitato, e Monte Nero che si apre sul mare, a Cala Pozzolana di Ponente. I fondali marini, incontaminati, appaiono ricchi di vita e non è difficile incontrare invertebrati dai colori smaglianti, ovature di nudibranchi delicate come trine di merletti, stelle marine rosse e porpora, oloturie, ofiuridi e ricci di varie specie.