San Nicola è il centro storico e amministrativo dell'arcipelago. Si sviluppa su una superficie di 42 ha, ha una lunghezza di 1600 metri, una larghezza di 450 mt. e un altezza massima di 75 metri. È il centro storico, religioso e amministrativo dell'arcipelago. Per le numerose tracce di un antico e glorioso passato, essa è considerata un museo a cielo aperto ed è sicuramente la più interessante per i resti monumentali, testimonianza della storia delle isole: torri, fortificazioni imponenti, muraglie, ridotti, chiese e chiostri di una fortezza-abbazia, Santa Maria a Mare, nella quale si alternarono i Benedettini cassinesi, dal IX secolo, i Cistercensi, dal 1237 al 1313, ed i canonici Lateranensi, dal 1413 sino alla fine del Cinquecento.