Le Secche di Tor Paterno sono costituite da una formazione rocciosa, coperta da organismi animali e vegetali che, scavando o costruendo le loro "tane" nel corso dei secoli, ne hanno modificato la forma. Si presentano come una vera e propria isola sul fondo del mare, in un ampio "deserto" di sabbia e fango. La profondità massima è di circa 60 metri mentre la sommità della "montagna" giunge a 18 metri sotto il livello del mare. Nulla emerge dall'acqua, né è normalmente visibile dalla superficie. Le condizioni di torbidità, assai variabili, sono legate agli improvvisi mutamenti del regime delle correnti, causati dalla vicinanza con il delta del Tevere. Questa è l'unica Area Marina Protetta in Italia ad essere completamente sommersa e a non includere alcun tratto di costa.