La Riserva è compresa totalmente nella ZSC (Zona Speciale di Conservazione) IT2020002, Sito della Rete Natura2000 di 328 ha di superficie.
Lo spettacolo più grandioso offerto dalla natura in questa Riserva Naturale è il Sasso Malascarpa, imponente rilievo roccioso situato in una delle zone di maggiore interesse geologico, geomorfologico e paleontologico della Lombardia.
La roccia del Sasso Malascarpa, che dà il nome all'area protetta, fa parte geologicamente delle Alpi Calcaree Meridionali, che corrispondevano, prima della formazione delle Alpi, all'antico bordo della zolla africana. Circa 150 milioni di anni fa infatti la regione alpina era occupata da un oceano. La collisione tra le zolle europea e africana, oltre alla formazione della catena montuosa alpina, ha prodotto una serie di deformazioni che hanno sollevato i sedimenti marini. E' per questo motivo che noi oggi possiamo facilmente osservare nella Riserva resti fossili come le conchiglie a due valve del mollusco Conchodon sul Sasso Malascarpa, coralli e madrepore.
Un altro aspetto interessante della Riserva è il carsismo, di cui sono manifestazione i caratteristici campi solcati, profondi e stretti solchi verticali, creati dall'azione erosiva delle piogge sulle rocce calcaree.
Testimoni dell'antica azione glaciale sono poi i grossi massi erratici rinvenibili nelle zone più basse della Riserva, lungo il corso del torrente Ravella, e provenienti dalla Valtellina.
La collocazione geografica della Riserva Naturale, i piani altitudinali (da 650 a 1260 m), l'esposizione e la morfologia del terreno determinano la presenza di differenti habitat. Alcuni di essi hanno un così alto valore naturalistico da essere tutelati a livello comunitario (ZSC – Zone Speciale di Conservazione).
Tre sono i principali ambienti vegetazionali:
Oltre a tante specie di fauna invertebrata come molluschi e insetti, che spesso però passano inosservate per le loro piccole dimensioni o per abitudini poco appariscenti, la Riserva ospita diverse specie di fauna vertebrata.
Tra i mammiferi, Lepri, Ricci, Talpe, Scoiattoli rossi, Ghiri, Volpi, Faine e Donnole sono abitanti abituali dell'area protetta come pure il Capriolo, del quale è possibile udire l'allarme simile ad un rauco latrato.
Tra i mammiferi sono da segnalare la presenza del cinghiale e del muflone, entrambi reintrodotti dall'uomo. Il primo, in rapida espansione, sta provocando purtroppo danni considerevoli allo strato erbaceo in molte zone, il secondo, introdotto dalla Sardegna sul vicino Monte Moregallo, ha colonizzato le zone alte della Riserva.
Particolarmente interessante risulta la presenza di Chirotteri (i pipistrelli). Mammiferi notturni, cacciano anche nel buio più fitto emettendo ultrasuoni e orientandosi con gli echi riflessi dagli ostacoli o dalle prede. Ne sono state censite dieci specie, che di giorno riposano negli anfratti rocciosi e negli alberi cavi poco disturbati della Riserva.
Decisamente numerose le specie di uccelli.
I diversi habitat ospitano differenti comunità. Le praterie sommitali sono abitate dalla Coturnice, dall'Allodola e dal raro Calandro, forse la specie più preziosa dell'area; molti rapaci diurni le utilizzano come zone di caccia. Negli arbusteti vivono la Sterpazzola, lo Stiaccino e gli Zigoli mentre tra le rupi nidificano il Passero solitario, i Rondoni, il raro Picchio muraiolo, i Rapaci e il Corvo imperiale. L'habitat più ricco di specie è però il bosco dove possiamo udir cantare Cince, Fringuelli, Capinere, Pettirossi, Merli, Picchi e la Ghiandaia. Solo nei boschi di conifere sentiremo invece il canto della Cincia dal ciuffo, del Fiorrancino o del Crociere.
Il particolare mosaico ambientale della Riserva ha favorito anche la presenza del Succiacapre, un raro uccello notturno dalla livrea mimeticissima.
Il nome della roccia, Sasso Malascarpa, secondo alcuni studiosi, deriverebbe da una storpiatura del nome dialettale "Sass de la mascarpa", derivato dal longobardo "masca" ovvero "strega". Le conchiglie del Mollusco Bivalve Conchodon un tempo venivano interpretate come le impronte degli zoccoli delle cavalcature delle streghe che, secondo le dicerie popolari, usavano lanciarsi in diaboliche cavalcate su impervie pareti. L'aspetto stesso del Sasso, simile ad una muraglia, avrebbe infatti suggerito l'intervento di qualche forza oscura per la sua costruzione.
Secondo altri autori "mascarpa" è invece da ricollegarsi alla produzione presso gli alpeggi locali della "mascherpa", un tipico formaggio; anche in questo caso potrebbe essere evidente un intervento soprannaturale a cui gli antichi sarebbero ricorsi per spiegare il fenomeno, per loro incomprensibile, della cagliatura del latte.
I resti fossili delle conchiglie bivalve del mollusco marino Conchodon hanno una particolare forma a cuore e sono diventati il simbolo della Riserva.