Stromboli è un vulcano giovane, nato circa 40.000 anni fa che presenta un unico cono vulcanico con tre bocche terminali perennemente in attività. Il cratere principale si apre sotto la sommità del versante ovest, poco più in basso della cima più alta, al suo interno il magma ribolle in continuazione. L'attività eruttiva è di due tipi: emissioni di ceneri e vapori ed esplosioni intermittenti ed intense che portano ad eliminare con violenza ceneri, pietre infuocate e brandelli di lava ribollente.
La vegetazione di Stromboli comprende parecchie specie rare o endemiche, arbustive come la granata rupicola, il Citiso delle eolie, che cresce solo su Stromboli, Lipari e Vulcano (dove non è più allo stato spontaneo, ma viene coltivata come foraggio per il bestiame) e la ginestra di Gasparrini, dai fiori gialli che sbocciano in tarda primavera, localizzata in alcune aree del Mediterraneo, o erbacee come il fiordaliso delle Eolie dalla corolla purpurea, la violacciocca rossa, l'issopo di Cosentini e il radicchio virgato di Gussone.
Per quanto riguarda la fauna, si trovano piccoli mammiferi come il ratto, il topolino e il coniglio selvatico. Più ricca è l'avifauna caratterizzata dagli uccelli che normalmente attraversano l'arcipelago, tra cui la berta maggiore e il falco della regina, ma anche da piccoli volatili di macchia mediterranea come l'occhiocotto, da predatori marini come il gabbiano reale e poi da gheppi, abili cacciatori negli spazi aperti e cespugliosi.