La ZSC Monti Auernig e Corona riveste un ruolo particolarmente importante nell'ambito della rete Natura 2000 del Friuli Venezia Giulia perché è ricco di habitat e flora per la compresenza di diversi sostrati e per la particolare abbondanza di sistemi di torbiere di transizione. Non presenta specie vegetali di interesse comunitario, ma al suo interno vi sono le uniche stazioni italiane certe di Wulfenia carinthiaca, specie illirica che ha disgiunzione di areale in Italia proprio in questo sito. Il sito offre ambiti di una certa rilevanza per la sopravvivenza delle popolazioni regionali di Gallo forcello (Tetrao tetrix) e, sempre per questa specie, funge da importante punto di collegamento ecologico tra la ZPS "Alpi carniche" ad occidente e la ZSC "Vallone di Rio Bianco e Malborghetto" ad oriente.