L'Avisio nel suo tratto cembrano è uno fra i bacini meno antropizzati di fondovalle di bassa quota del Trentino se non il meno antropizzato in assoluto.
L'ambiente fluviale mantiene caratteristiche di ottima qualità naturalistica proprio grazie alla sua relativa stabilità e alla bassa frequentazione umana; è un'area di rifugio di eccezionale valore per numerose specie di vertebrati e luogo ideale per la presenza di un popolamento animale che possiamo definire naturalmente strutturato.
Tra gli anfibi sono presenti la rana di montagna, la rana verde, la rana agile, la raganella, l'ululone dal ventre giallo, il rospo comune, la salamandra pezzata e il tritone alpestre che proprio sul fondovalle dell'Avisio trovano aree importantissime per la riproduzione. Tra i rettili (parlando sempre di fauna strettamente legata all'ambiente acquatico) sono presenti in modo uniforme, nel fondovalle, la biscia tassellata e la biscia dal collare. Tra gli uccelli vanno annoverati il merlo acquaiolo, il germano reale, l'airone cenerino, il piro piro piccolo e il martin pescatore. Alcune di queste specie sono a rischio di estinzione in Europa, si comprende quindi il valore che possono avere queste popolazioni locali da un punto di vista naturalistico. Tra i mammiferi, il topo ragno d'acqua è certamente il più diffuso.
Un discorso a parte merita la presenza della trota marmorata: la sua importanza è legata a motivi di carattere strettamente naturalistico scientifico, a ragioni di tipo ecologico e non ultime alle implicazioni relative alla pesca dilettantistica. È un salmonide endemico di una regione molto limitata geograficamente, quindi ha di per sé un valore naturalistico elevato. Tale specie è attualmente sottoposta a grave rischio di estinzione per cui risulta molto evidente l'importanza di mantenere popolazioni residue come quella dell'Avisio che, in altre parti dell'Italia settentrionale, hanno spinto molte amministrazioni a impegnare ingenti risorse finanziarie e umane per il recupero e il risanamento di quel che resta di queste popolazioni residue.