L'AMP è stata istituita di fatto con il Decreto Ministeriale del 27 dicembre 2007 ed il regolamento la rende effettiva dal 5 giugno 2008 ma la sua storia inizia molti anni prima.
Nel 1991, infatti, le Isole di Ischia, Vivara e Procida furono identificate nella lista delle Aree marine di reperimento all'Art.36 della Legge 6 dicembre 1991, n. 394 "legge quadro sulle aree protette", come area marina protetta integrata denominata "Regno di Nettuno".
Nel 1999 fu affidato alla Stazione Zoologica Anton Dohrn, di Napoli, lo studio di fattibilità che fu consegnato al Ministero dell'Ambiente nel gennaio 2001. Da allora iniziò la fase di istruttoria tecnica e di concertazione politica per mettere a punto la perimetrazione e la zonazione dell'area che si concluse, appunto, alla fine del 2007.
L'Area Marina Protetta Regno di Nettuno persegue la protezione ambientale la tutela e la valorizzazione del mare che circonda le isole di Ischia Procida e Vivara, nel Golfo di Napoli.
Con i suoi 11.256 ha di superficie risulta la più estesa AMP della Campania e racchiude al suo interno delle particolarità di enorme interesse, non solo naturalistico.
La zonizzazione del Regno di Nettuno, rispetto alle altre AAMMPP italiane, comprende due zone di tutela aggiuntive alle canoniche zona A (di tutela integrale), zona B (di riserva generale) e zona C (di riserva parziale) individuate nelle zone B n.t. (di riserva generale speciale) "No Take" e nella zona D (di tutela dei mammiferi marini).
Fra le sue attività, l'Area Marina Protetta realizza, in partenariato con Istituti Scientifici Università associazioni ed operatori del settore, programmi di studio monitoraggio e ricerca nei settori dell'ecologia della biologia marina e dell'archeologia subacquea al fine di implementare la conoscenza del territorio marino-costiero.
Inoltre espleta attività di Educazione Ambientale in collaborazione con associazioni ambientaliste ed Istituti Scolastici di ogni ordine e grado e si occupa della gestione e progettazione di percorsi didattici, realizzazione di eventi, manifestazioni, convegni e seminari al fine di diffondere l'importanza della tutela delle risorse per la valorizzazione del territorio con l'obiettivo di stimolare cambiamenti nel comportamento dei cittadini rispetto all'ambiente e di promuoverne una fruizione sostenibile.
La ricchezza del mare dell'AMP "Regno di Nettuno" si intuisce osservando la perimetrazione dell'area su di una mappa. La sua estensione piuttosto imponente è dovuta anche alla presenza dello "strano" prolungamento verso nord, di due miglia di larghezza e otto di lunghezza, che corrisponde al cosiddetto "Canyon di Cuma" e che rende il Regno di Nettuno un'area unica nel Mediterraneo.
Tale prolungamento estende la protezione dell'AMP all'incredibile ricchezza in cetacei (delfini, balene, capodogli..) di questo tratto di mare racchiuso nella zona D dell'AMP "di tutela dei mammiferi marini" che è l'unica italiana, essendo il Santuario Pelagos italo-francese ed Area marina protetta di Interesse Internazionale.
L'altra emergenza che viene racchiusa dai confini dell'AMP "Regno di Nettuno" è una straordinaria prateria di Posidonia oceanica, che circonda per decine di chilometri quadrati le isole, con particolare riguardo ad Ischia.
Il Regno di Nettuno deve la sua incredibile ricchezza anche alla sua particolare posizione su di un confine importantissimo, che divide l'area nord del mediterraneo da quella sud. Si tratta di un confine climatico, che fa si che l'arcipelago flegreo si trovi all'estremo nord dell'area di espansione delle specie che colonizzano il mediterraneo meridionale ed all'estremo sud dell'area di espansione delle specie che preferiscono climi più freddi. Il risultato è la contemporanea presenza di tutte le specie presenti nel Mediterraneo, caratteristica che convinse Anton Dohrn, studioso tedesco amico di Charles Darwin, a stabilire tra Napoli ed Ischia i suoi studi ed a costruire il primo istituto di biologia marina al mondo, nel 1872, tuttora uno dei più prestigiosi.
I fondali ed il mare dell'AMP "Regno di Nettuno" comprendono una assoluta varietà di ambienti, comprese aree di coralligeno, con incredibili formazioni di alghe rosse, madrepore e coralli.
Caratteristico di Ischia è il "falso corallo nero" Gerardia savalia presente lungo il costone della torre di S. Angelo, e numerose sono anche le grotte.
Le acque del Regno sono frequentate da tutte le specie ittiche tipiche degli ambienti rocciosi mediterranei, ma anche al centro di flussi migratori di totani e calamari e di tutte le specie del pesce azzurro e dei piccoli tunnidi.
L'area ad ovest, verso l'Isola di Ventotene, e l'area a Nord sono le zone mediterranee che presentano la più alta densità di mammiferi marini, con la contemporanea presenza di tutte le specie che vivono in questo mare. Il Canyon di Cuma, in particolare, ospita la più importante famiglia presente nel mediterraneo di Delfino Comune, che, a dispetto del nome, è oggi a rischio ed inserita nella lista rossa delle specie in via di estinzione.