Il existe deux catégories fondamentales de roches dans les Monts Euganéens : les roches volcaniques et les roches sédimentaires. Les roches sédimentaires se sont formées au cours de millions d'années par le dépôt de boue calcaire et de micro-organismes. Ces roches contiennent, dans de nombreux cas, les restes fossilisés d'organismes marins, et c'est par l'étude des fossiles (surtout des microfossiles) que l'on peut dater les roches.
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Les Monts Euganéens abritent une nombre surprenant d'espèces végétales. Cela est dû à l'origine et à la composition chmique différentes des sols, à la morphologie accidentée et unique des reliefs, à l'isolement des autres groupes de montagnes et à l'alternance des événements climatiques. Par rapport à la monotonie des plaines, la zone représente une île naturaliste complexe, où vivent en étroit contact une végétation chaude aride (thermophile) et une végétation montagneuse (microthermale) ou submontagnarde.
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Bien qu'elle ait subi un appauvrissement considérable au fil du temps, la faune est encore bien représentée. Parmi les mammifères insectivores, les hérissons, les taupes et les musaraignes carrelets sont courants. Parmi les rongeurs, il y a le loir et le muscardin. Les carnivores sont représentés par le renard, le blaireau, la martre et la belette. Parmi les lacertiliens, dans les zones chaudes et sèches, on rencontre quelques espèces de lézard vert, tandis que dans les zones fraîches et humides, l'orvet. Les serpents sont aussi présents avec la couleuvre à dos noir (cinglard) et la couleuvre d'Esculape; la couleuvre à collier et la couleuvre tessellée sont aussi répandues.
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La zone des Monts Euganéens est l'une des plus réputées d'Italie pour la présence de ressources thermales, qui constituent une importante attraction touristique au niveau international. Concernant l'origine du thermalisme, la référence est un modèle qui exclut toute relation entre les eaux chaudes et le phénomène volcanique euganéen, trop ancien pour représenter encore une source active de chaleur.
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Des preuves archaïques des anciens Veneti peuvent être trouvées et observées dans la région des Monts Euganéens. Un grand nombre d'objets témoignant de l'histoire de ce territoire, de la préhistoire à l'époque romaine, sont conservés à Este, au Musée National Atestino.
Les témoignages les plus anciens, trouvés dans les régions de Monte della Madonna et de Venda, remontent à la période paléolithique et sont constitués d'artefacts en silex. D'importantes découvertes de céramiques sont celles de la période néolithique (fin du IVe millénaire av. J.-C.), qui ont été mises au jour en quantités considérables près de Castelnuovo. Des armes, des outils, des ornements et des vêtements, datant de l'âge du bronze (IIe millénaire av. J.-C.) et témoignant de la présence d'un village marécageux, ont été découverts près du Lago della Costa, à Arquà Petrarca.
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