In den Euganeischen Hügeln gibt es zwei grundlegende Felskategorien: vulkanische und sedimentäre Felsen. Die Sedimentärfelsen haben sich im Laufe von Millionen von Jahren aus der Ablagerung von kalkhaltigem Schlamm und Mikroorganismen gebildet. Diese Felsen enthalten oftmals Fossilien von Meeresorganismen. Durch die Untersuchung der Fossilien (insbesondere der Mikrofossilien) wird die Datierung der Felsen ermöglicht.
Die Euganeischen Hügel zeichnen sich durch eine erstaunliche Zahl an Pflanzenarten aus. Das liegt an dem unterschiedlichen Ursprung und der unterschiedlichen chemischen Zusammensetzung des Bodens, an der unregelmäßigen und einzigartigen Morphologie der Erhebungen, der Isolation von anderen Berggruppen und an den wechselhaften klimatischen Ereignissen. Das Gebiet stellt im Vergleich zur Eintönigkeit der Ebene eine komplexe Naturoase dar, wo Vegetationen, die trockenwarme Standorte bevorzugen (termophile) und montane (Mikroklima) oder submontane Pflanzenarten eng nebeneinander angesiedelt sind.
Auch wenn sich die Fauna im Laufe der Zeit erheblich verringert hat, ist sie doch noch gut vetreten. Unter den insektenfressenden Säugetieren sind der Igel, der Maulwurf und die Spitzmaus häufig; unter den Nagetieren der Siebenschläfer und die Haselmaus. Die fleischfressenden Tiere sind durch den Fuchs, Dachs, Steinmarder und das Wiesel vertreten. Unter den Echsen der trockenwarmen Gebiete treffen wir auf einige Eidechsarten und die Smaragdeidechse, während wir an feuchtfrischen Orten die Blindschleiche vorfinden. Zu den angesiedelten Schlangen gehört die Bachennatter in der schwarzen Art (Scarbonasso), und die Äskulappnatter; verbeitet sind ebenfalls die Ringelnatter und die Würfelnatter.
Das Gebiet der Euganeischen Hügel gehört zu den renommiertesten in Italien im Hinblick auf das Vorkommen von Thermalquellen, die ein bedeutender touristischer Anziehungspunkt auf internationaler Ebene sind. Was den Ursprung des Thermalismus betrifft, bezieht man sich auf ein Modell, was jegliche Verbindung zwischen dem warmen Wasser und dem euganeischen vulkanischen Phänomen ausschließt, das zu alt ist, um noch eine aktive Wärmequelle darzustellen.
Im Gebiet der Euganeischen Hügel befinden sich archaische Zeugnisse der Antiken Veneter, die besichtigt werden können. Zahlreiche Fundstücke, die die Geschichte dieses Gebiets von der Vorgeschichte bis zur Römerzeit dokumentieren, werden in Este im Nationalmuseum Atestino aufbewahrt.
Die ältesten Zeugnisse, die in der Gegend des Monte della Madonna und des Monte Venda entdeckt wurden und aus der Altsteinzeit stammen, bestehen aus Feuersteingeräten. Bedeutende Keramikfundstücke beziehen sich auf die Jungsteinzeit (Ende des 4. Jahrtausends v. Chr.) und sind in großen Mengen in der Nähe von Castelnuovo zum Vorschein gekommen. Waffen, Gebrauchsgegenstände, Schmuckstücke und Kleidung, die aus der Bronzezeit stammen und die Präsenz einer Moorsiedlung bezeugen, wurden in der Nähe des Lago della Costa in Arquà Petrarca gefunden.