Der Toskanische Archipel umfasst sieben Inseln: Elba, Capraia, Gorgona, Pianosa, Montecristo, Giglio, Giannutri. Diese Inseln haben einen verschiedenen geologischen Ursprung: Capraia ist vulkanisch, Giglio und Elba sind vor allem granitisch. Die große geologische Vielfalt beeinflußt die Gestaltung und Landschaft jeder Insel. Die Anwesenheit der Menschen, die von Funden und von der alten Tradition der Mineralverarbeitung belegt wird, hat die ursprüngliche Vegetation stark geprägt. Die Steineichen überleben noch in einigen Gebieten der Insel Elba und die Macchia ist die am meisten verbreitete Vegetationsart.
Der Toskanische Archipel stellt einen wichtigen Zufluchtsort wegen der früher vorhandenen Landverbindungen zwischen der italienischen Halbinsel und dem sardisch-korsischen System dar. Deswegen leben im Archipel besondere Tier- und Pflanzenarten, die sich während der Isolierung parallel zu den Tier- und Pflanzenarten Korsikas und Sardiniens entwickelt haben. Im Archipel leben viele Seevogelkolonien, vor allem Sturmtaucher und Möwen. Darunter ist die seltene Korallenmöwe, eine endemische Vogelart des Mittelmeerraumes, die in wenigen Orten Italiens lebt. Hier wird auch die Mittelmeer-Mönchsrobbe gelegentlich gesichtet. Man kann oft auch Walfische sichten.
Die Inseln zeichnen sich durch verschiedene endemische Tierarten aus. Einige Beispiele sind: Zitronenzeisig, Alpenbraunelle, Knarre, Sardischer Scheibenzüngler und Blattfingergeckos. Die Tierarten sind typisch für die mediterrane Umwelt; besonders verbreitet sind auch der Marder und das Wildkaninchen. Das Maremma-Wildschwein ist Anfang des 19. Jahrhunderts ausgestorben. Vor 30 Jahren wurde das Mitteleuropäische Wildschwein angesiedelt. Diese Tierart hat sich auf der Insel Elba vermehrt und stellt jetzt eine große Bedrohung für die Flora und die landwirtschaftlichen Kulturen dar.
Für viele Zugvögel ist der Archipel ein sicherer Ort für den Nestbau, vor allem für Sturmtaucher und Möwen. Hier lebt auch die seltene Korallenmöwe, die das Symbol des Nationalparks ist.
Die Hauptfaktoren, die die Flora des Toskanischen Archipels beeinflussen, sind das mediterrane Klima und der Inselcharakter.
Die am meisten verbreitete Vegetation besteht aus immergrünen Pflanzenarten mit lederartigen Blättern, die von einer dicken und fast wasserdichten Haut geschützt sind, oder aus Pflanzenarten mit kleinen Blättern und Dörnern oder blattlosen Pflanzen, wie dem Ginster.
Von den alten großen Steineichenwäldern überleben heute nur einige Schlagwälder. Die komplexe geologische Entwicklung der Insel Elba hat zur Verbreitung der Kastanienwälder geführt. Auf den Bergen sind Eibenbäume und Hopfen-Buchen zu finden.
Heute ist die Macchia die wichtigste Vegetationsart im Nationalpark. Hier sind einige der wichtigsten Pflanzenarten, die typisch für den Mittelmeerraum sind: Erdbeerbaum, Immergrüner Kreuzdorn , Mastixbaum, Phönizischer Wacholder, Myrte, Heidekraut, Rosmarin und Ginster.
Nicht zu vergessen das Leinkraut und die Strandlilie.
Nach der Gründung einiger Reservate ist der Toskanische Archipel der größte Meerespark Europas und das größte Schutzgebiet der Meere in Europa. Der Nationalpark umfasst viele Habitats mit unterschiedlichen Tierarten.
Die wertvolle Biodiversität des Archipels ist auch mit der Vielfältigkeit der Küsten und Meeresböden verbunden. Von den Stränden der Insel Elba bis zu den Felsenklippen der westlichen Capraia-Insel ist eine atemberaubende Vielfalt an Tier- und Pflanzenarten in allen Schluchten zu finden. Diese Tiere bewohnen das schönste Habitat der Welt, nämlich das Meer.
Die Inseln des Toskanischen Archipels bestehen aus verschiedenen Gesteinsarten: magmatischen Gesteinen, sowohl intrusiven (Granit, Porphyr und Aplitgänge) als auch effusiven (Basalt und Rhyolith), Sedimentgesteinen (Kalkstein, Sandstein ecc.), metamorphem Gestein (Phillit, Gneis, Marmor usw.) sowie dem berühmten Eisenerz des östlichen Gebiets von Elba. Diese Gesteine zeigen besondere Aspekte, die sie mit ihren unterschiedlichen und weit entfernten Ursprungsorten verbinden und uns somit einen konkreten Beweis für die Bewegungen und Überlappungen liefern, die die Entstehung des Toskanischen Archipels ermöglicht haben.
Als Endemiten werden Tier- oder Pflanzenarten bezeichnet, die auf einem umgrenzten Gebiet vorkommen. Die Größe dieses Gebiets ist nicht vorgegeben, das einbezogene Gebiet kann von einer ganzen Nation bis zu einer kleineren Region gehen, bis zu einem eng umgrenzten Gebiet, von sogar nur wenigen hundert Quadrtakilometern, wenn man von sogenannten "punktartigen" Endemiten spricht.
Gebietsfremde Arten sind Tier- oder Pflanzenarten, die vom Menschen absichtlich oder unabsichtlich außerhalb ihres Ursprungsgebiets eingebracht wurden. Einige von ihnen siedeln sich mit Erfolg an und verbreiten sich rapide, wobei sie große Schäden an den ursprünglichen Arten und Ökosystemen dieser Orte verursachen, die oft mit wirtschaftlichen Auswirkungen und gesundheitlichen Problemen verbunden sind.