L'area del Trasimeno è una zona di origine Etrusca. Possiamo, infatti, trovare forti testimonianze come ad esempio le urne cinerarie e le tombe, soprattutto nella zona di Castiglione del Lago. In seguito, Il territorio, al pari del resto dell'Umbria, fu poi romanizzato. Si pensa proprio che sia opera romana la costruzione del primo emissario del lago, il quale aveva la funzione di regolarizzare il livello delle acque. Ed è proprio lungo queste acque, nella zona compresa fra Tuoro, il Lago e le alture circostanti, che avvenne la famosa "Battaglia del Trasimeno" che vide i Romani soccombere ad Annibale nel 217 a.C.
È grazie ai Romani, però, che la zona del Trasimeno è diventata territorio di grande interesse economico generato dallo sviluppo di un'agricoltura fertile e dalle ricchezze prodotte dalla pesca.
La presenza Romana è testimoniata da molti ritrovamenti, a Quarantaia, ad esempio, è venuta alla luce una villa romana. Gli scavi hanno evidenziato le strutture murarie di una residenza rustica risalente al I - II secolo d.C., alcune vasche e una fornace.
Oggi, la struttura insediativa conservata nel Parco è prevalentemente quella medievale con i castelli, i centri cinti di mura di Passignano, Monte del Lago e di Castiglione del Lago.
Tra i castelli in gran parte diruti, compresi nel Parco, una menzione particolare va a quelli di Isola Polvese e di Isola Maggiore, ma il più importante è quello di Castiglione del Lago, collegato con un lungo camminamento coperto al Palazzo Ducale di Ascanio della Cornia, famoso per la battaglia di Lepanto.
Significativa è poi l'edilizia dei villaggi di pescatori, con i pittoreschi esempi a San Feliciano e a Isola Maggiore, la quale, quest'ultima fu fino al 1600 il maggior centro di peschereccio del lago.
Il Trasimeno con il territorio limitrofo fu parte dell'Etruria, tombe e resti etruschi sono presenti soprattutto nell'area di Castiglione del Lago. La romanizzazione avvenne contestualmente a quella di Perugia e il Trasimeno entrò nella storia di Roma con la battaglia del 217 a.C. in cui l'esercito di Annibale annientò le legioni e 16.000 soldati persero la vita tra le colline di Tuoro e le sponde del lago. Roma ha lasciato al Trasimeno il segno della sua grande scienza idraulica con la costruzione del primo emissario destinato a regolarizzare il livello delle acque e ad impedire le inondazioni anticipando una tecnologia ripetuta da Braccio Fortebraccio e fino ai nostri giorni. La struttura insediativa conservata nel Parco è oggi prevalentemente quella medievale con i castelli, con i centri cinti di mura di Passignano, Monte del Lago e di Castiglione del Lago.