| | | Arcipelago delle Egadi - area marina e terrestre (ITA010027) | 93 ha |
| | | Banchi di Marettimo (ITA010033) | 6.169 ha |
| | | Bosco di Calatafimi (ITA010013) | 241 ha |
| | | Capo San Vito, Monte Monaco, Zingaro, Faraglioni Scopello, Monte Sparacio (ITA010017) | 1 ha |
| | | Complesso Monte Bosco e Scorace (ITA010008) | 606 ha |
| | | Complesso Monti di Castellammare del Golfo (TP) (ITA010015) | 1 ha |
| | | Complesso Monti di Santa Ninfa - Gibellina e Grotta di Santa Ninfa (ITA010022) | 783 ha |
| | | Foce del Torrente Calatubo e dune (ITA010018) | 108 ha |
| | | Fondali del Golfo di Custonaci (ITA010025) | 100 ha |
| | | Fondali dell'Arcipelago delle Isole Egadi (ITA010024) | 93 ha |
| | | Fondali dell'isola dello Stagnone di Marsala (ITA010026) | 100 ha |
| | | Fondali dello Zingaro (ITA010032) | 2.619 ha |
| | | Isola di Favignana (ITA010004) | 2 ha |
| | | Isola di Levanzo (ITA010003) | 2 ha |
| | | Isola di Marettimo (ITA010002) | 2 ha |
| | | Isola di Pantelleria - Area Costiera, Falesie e Bagno dell'Acqua (ITA010020) | 10 ha |
| | | Isola di Pantelleria e area marina circostante (ITA010030) | 59 ha |
| | | Isola di Pantelleria: Montagna Grande e Monte Gibele (ITA010019) | 3.099 ha |
| | | Isole dello Stagnone di Marsala (ITA010001) | 241 ha |
| | | Laghetti di Preola e Gorghi Tondi e Sciare di Mazara (ITA010005) | 1.511 ha |
| | | Laghetti di Preola e Gorghi Tondi, Sciare di Mazara e Pantano Leone (ITA010031) | 1.652 ha |
| | | Marausa: Macchia a Quercus calliprinos (ITA010012) | 3 ha |
| | | Montagna Grande di Salemi (ITA010023) | 1.321 ha |
| | | Monte Bonifato (ITA010009) | 322 ha |
| | | Monte Cofano e Litorale (ITA010016) | 1 ha |
| | | Monte Cofano, Capo San Vito e Monte Sparagio (ITA010029) | 15.231 ha |
| | | Monte San Giuliano (ITA010010) | 1 ha |
| | | Paludi di Capo Feto e Margi Spanò (ITA010006) | 350 ha |
| | | Pantani di Anguillara (ITA010034) | 124 ha |
| | | Saline di Marsala (ITA010021) | 315 ha |
| | | Saline di Trapani (ITA010007) | 1 ha |
| | | Sciare di Marsala (ITA010014) | 4.577 ha |
| | | Sistema dunale Capo Granitola, Porto Palo e Foce del Belice (ITA010011) | 538 ha |
| | | Stagnone di Marsala e Saline di Trapani - area marina e terrestre (ITA010028) | 49 ha |
