| | Bonifica della Gherardesca (IT5120105) | 57 ha |
| | Boschi di Bolgheri, Bibbona e Castiglioncello (IT5160005) | 3.525 ha |
| | Boschi di Germagnana e Montalto (IT5170010) | 229 ha |
| | Campi di alterazione geotermica di M.Rotondo e Sasso Pisano (IT5170102) | 121 ha |
| | Cerbaie (IT5170003) | 6.509 ha |
| | Complesso di Monterufoli (IT5170008) | 5.033 ha |
| | Dune litoranee di Torre del Lago (IT5170001) | 123 ha |
| | Ex alveo del Lago di Bientina (IT5120101) | 1.056 ha |
| | Fiume Cecina da Berignone a Ponteginori (IT5170007) | 1.909 ha |
| | Lago di Santa Luce (IT5170009) | 525 ha |
| | Lago e Padule di Massacciuccoli (IT5120017) | 1.906 ha |
| | Macchia di Tatti - Berignone (IT5170006) | 2.489 ha |
| | Monte Pisano (IT5120019) | 8.233 ha |
| | Montefalcone (IT5170004) | 510 ha |
| | Montenero (IT5170005) | 145 ha |
| | Secche della Meloria (IT5160018) | 8.727 ha |
| | Selva Pisana (IT5170002) | 9.657 ha |