| | Abetone (IT5130003) | 624 ha |
| | Alpe della Luna (IT5180010) | 3.397 ha |
| | Alta Val di Merse (IT5190006) | 9.490 ha |
| | Alta Valle del Sestaione (IT5130001) | 828 ha |
| | Alta Valle del Tevere (IT5180006) | 1.656 ha |
| | Alta valle del Torrente Pescia di Pescia (IT5130008) | 1.586 ha |
| | Alta Vallesanta (IT5180005) | 5.037 ha |
| | Alto corso del Fiume Fiora (IT51A0019) | 7.111 ha |
| | Appennino pratese (IT5150003) | 4.191 ha |
| | Basso Merse (IT5190007) | 4.229 ha |
| | Bonifica della Gherardesca (IT5120105) | 57 ha |
| | Boschi delle Colline di Capalbio (IT51A0029) | 6.024 ha |
| | Boschi di Bolgheri, Bibbona e Castiglioncello (IT5160005) | 3.525 ha |
| | Boschi di Germagnana e Montalto (IT5170010) | 229 ha |
| | Bosco ai Frati (IT5140006) | 171 ha |
| | Bosco di Chiusi e Paduletta di Ramone (IT5140010) | 419 ha |
| | Bosco di Sargiano (IT5180015) | 15 ha |
| | Brughiere dell'Alpe di Poti (IT5180014) | 1.143 ha |
| | Camaldoli, Scodella, Campigna, Badia Prataglia (IT5180004) | 2.155 ha |
| | Campi di alterazione geotermica di M.Rotondo e Sasso Pisano (IT5170102) | 121 ha |
| | Campolino (IT5130002) | 132 ha |
| | Castelvecchio (IT5190001) | 1.114 ha |
| | Cerbaie (IT5170003) | 6.509 ha |
| | Complesso di Monterufoli (IT5170008) | 5.033 ha |
| | Conca di Firenzuola (IT5140003) | 2.338 ha |
| | Cono vulcanico del Monte Amiata (IT51A0017) | 6.114 ha |
| | Cornate e Fosini (IT51A0001) | 1.403 ha |
| | Crete dell'Orcia e del Formone (IT5190011) | 8.238 ha |
| | Crete di Camposodo e Crete di Leonina (IT5190004) | 1.859 ha |
| | Crinale Monte Falterona - Monte Falco - Monte Gabrendo (IT5180001) | 200 ha |
| | Duna del Lago di Burano (IT51A0032) | 98 ha |
| | Duna di Feniglia (IT51A0028) | 458 ha |
| | Dune costiere del Parco dell'Uccellina (IT51A0015) | 158 ha |
| | Dune litoranee di Torre del Lago (IT5170001) | 123 ha |
| | Elba orientale (IT5160102) | 2 ha |
| | Ex alveo del Lago di Bientina (IT5120101) | 1.056 ha |
| | Fiume Cecina da Berignone a Ponteginori (IT5170007) | 1.909 ha |
| | Foreste Alto Bacino dell'Arno (IT5180002) | 10.391 ha |
| | Foreste del Siele e del Pigelleto di Piancastagnaio (IT5190013) | 1.313 ha |
| | Foreste di Camaldoli e Badia Prataglia (IT5180018) | 2.937 ha |
| | Formiche di Grosseto (IT51A0022) | 10 ha |
| | Giogo - Colla di Casaglia (IT5140004) | 6.111 ha |
| | Giogo Seccheta (IT5180003) | 89 ha |
| | Isola del Giglio (IT51A0023) | 2.094 ha |
| | Isola di Capraia - area terrestre e marina (IT5160006) | 90 ha |
| | Isola di Capraia - area terrestre e marina (IT5160007) | 18.403 ha |
| | Isola di Giannutri - area terrestre e marina (IT51A0024) | 11.022 ha |
| | Isola di Gorgona - area terrestre e marina (IT5160002) | 95 ha |
| | Isola di Montecristo e Formica di Montecristo - area terrestre e marina (IT5160014) | 90 ha |
| | Isola di Pianosa - area terrestre e marina (IT5160013) | 82 ha |
| | Isole di Cerboli e Palmaiola (IT5160011) | 21 ha |
| | Isolotti grossetani dell'Arcipelago Toscano (IT51A0035) | 11 ha |
| | La Calvana (IT5150001) | 4.544 ha |
| | La Verna - Monte Penna (IT5180101) | 302 ha |
| | Lago Acquato, Lago San Floriano (IT51A0030) | 208 ha |
| | Lago dell'Accesa (IT51A0005) | 1.168 ha |
| | Lago di Burano (IT51A0031) | 236 ha |
| | Lago di Burano (IT51A0033) | 489 ha |
| | Lago di Chiusi (IT5190009) | 802 ha |
| | Lago di Montepulciano (IT5190008) | 483 ha |
| | Lago di Porta (IT5110022) | 156 ha |
| | Lago di Santa Luce (IT5170009) | 525 ha |
| | Lago di Sibolla (IT5120018) | 74 ha |
| | Lago e Padule di Massacciuccoli (IT5120017) | 1.906 ha |
| | Laguna di Orbetello (IT51A0026) | 3.694 ha |
| | Libro Aperto - Cima Tauffi (IT5130005) | 360 ha |
| | Lucciolabella (IT5190010) | n/a |
| | Macchia di Tatti - Berignone (IT5170006) | 2.489 ha |
| | Macchia lucchese (IT5120016) | 406 ha |
| | Medio corso del Fiume Albegna (IT51A0021) | 1.991 ha |
| | Montagnola Senese (IT5190003) | 13.746 ha |
| | Monte Acuto - Groppi di Camporaghena (IT5110004) | 460 ha |
| | Monte Argentario, Isolotto di Porto Ercole e Argentarola (IT51A0025) | 5.723 ha |
| | Monte Borla - Rocca di Tenerano (IT5110008) | 1.081 ha |
| | Monte Calvano (IT5180007) | 1.537 ha |
| | Monte Calvi di Campiglia (IT5160008) | 1.037 ha |
| | Monte Capanne e promontorio dell'Enfola (IT5160012) | 6.756 ha |
| | Monte Castagnolo (IT5110007) | 116 ha |
| | Monte Castellino - Le Forbici (IT5120002) | 662 ha |
| | Monte Cetona (IT5190012) | 1.604 ha |
| | Monte Corchia - Le Panie (IT5120014) | 3.964 ha |
| | Monte Croce - Monte Matanna (IT5120012) | 1.249 ha |
| | Monte d'Alma (IT51A0008) | 5.834 ha |
| | Monte Dogana (IT5180016) | 1.235 ha |
| | Monte Ferrato e Monte Iavello (IT5150002) | 1.376 ha |
| | Monte Ginezzo (IT5180017) | 1.604 ha |
| | Monte La Nuda - Monte Tondo (IT5110005) | 523 ha |
| | Monte Labbro e alta valle dell'Albegna (IT51A0018) | 6.299 ha |
| | Monte Leoni (IT51A0009) | 5.113 ha |
| | Monte Matto - Monte Malpasso (IT5110003) | 748 ha |
| | Monte Morello (IT5140008) | 4.174 ha |
| | Monte Oliveto Maggiore e Crete di Asciano (IT5190005) | 3.305 ha |
| | Monte Orsaro (IT5110002) | 1.979 ha |
| | Monte Penna, Bosco della Fonte e Monte Civitella (IT51A0020) | 1.488 ha |
| | Monte Pisano (IT5120019) | 8.233 ha |
| | Monte Prato Fiorito - Monte Coronato - Valle dello Scesta (IT5120006) | 1.907 ha |
| | Monte Romecchio - Monte Rondinaio - Poggione (IT5120005) | 715 ha |
| | Monte Sagro (IT5110006) | 1.220 ha |
| | Monte Sillano - Passo Romecchio (IT5120001) | 257 ha |
| | Monte Spigolino - Monte Gennaio (IT5130006) | 493 ha |
| | Monte Sumbra (IT5120009) | 1.865 ha |
| | Monte Tambura - Monte Sella (IT5120013) | 2.013 ha |
| | Montefalcone (IT5170004) | 510 ha |
| | Montenero (IT5170005) | 145 ha |
| | Monti del Chianti (IT5190002) | 7.938 ha |
| | Monti dell'Uccellina (IT51A0016) | 4.441 ha |
| | Monti Rognosi (IT5180009) | 948 ha |
| | Muraglione - Acqua Cheta (IT5140005) | 4.885 ha |
| | Orrido di Botri (IT5120007) | 244 ha |
| | Padule della Trappola, Bocca d'Ombrone (IT51A0013) | 489 ha |
| | Padule della Trappola, Bocca d'Ombrone (IT51A0039) | 1 ha |
| | Padule di Bolgheri (IT5160004) | 577 ha |
| | Padule di Diaccia Botrona (IT51A0011) | 1.348 ha |
| | Padule di Fucecchio (IT5130007) | 2.081 ha |
| | Padule di Scarlino (IT51A0006) | 149 ha |
| | Padule di Suese e Biscottino (IT5160001) | 144 ha |
| | Padule di Verciano, Prati alle Fontane e Padule delle Monache (IT5120020) | 397 ha |
| | Padule Orti - Bottagone (IT5160010) | 43 ha |
| | Pania di Corfino (IT5120004) | 134 ha |
| | Parco dell'Orecchiella - Pania di Corfino - Lamarossa (IT5120003) | 2.008 ha |
| | Pascoli montani e cespuglieti del Pratomagno (IT5180011) | 6.753 ha |
| | Passo della Raticosa, Sassi di San Zanobi e della Mantesca (IT5140001) | 2.208 ha |
| | Pian degli Ontani (IT5130004) | 671 ha |
| | Pianure del Parco della Maremma (IT51A0036) | 3.303 ha |
| | Pineta Granducale dell'Uccellina (IT51A0014) | 626 ha |
| | Poggi di Prata (IT51A0002) | 1.061 ha |
| | Poggio di Moscona (IT51A0010) | 648 ha |
| | Poggio Ripaghera - Santa Brigida (IT5140009) | 417 ha |
| | Poggio Tre Cancelli (IT51A0004) | 319 ha |
| | Ponte a Buriano e Penna (IT51800139 | 1.186 ha |
| | Praterie primarie e secondarie delle Apuane (IT5120015) | 17.320 ha |
| | Promontorio di Piombino e Monte Massoncello (IT5160009) | 712 ha |
| | Punta Ala e Isolotto dello Sparviero (IT51A0007) | 337 ha |
| | Ripa d'Orcia (IT5190014) | 830 ha |
| | Sasso di Castro e Monte Beni (IT5140002) | 812 ha |
| | Sasso di Simone e Simoncello (IT5180008) | 1.665 ha |
| | Scarpata continentale dell'Arcipelago Toscano (IT5160020) | 473 ha |
| | Scoglietto di Portoferraio (IT5160019) | 154 ha |
| | Scoglio dell'Argentarola (IT51A0038) | 100 ha |
| | Secche della Meloria (IT5160018) | 8.727 ha |
| | Selva Pisana (IT5170002) | 9.657 ha |
| | Stagni della Piana Fiorentina e Pratese (IT5140011) | 1.902 ha |
| | Tombolo da Castiglion della Pescaia a Marina di Grosseto (IT51A0012) | 373 ha |
| | Tombolo di Cecina (IT5160003) | 354 ha |
| | Tre Limentre - Reno (IT5130009) | 9.360 ha |
| | Val di Farma (IT51A0003) | 8.695 ha |
| | Valle del Giardino (IT5120011) | 784 ha |
| | Valle del Serra - Monte Altissimo (IT5120010) | 1.850 ha |
| | Valle del Torrente Gordana (IT5110001) | 523 ha |
| | Valle dell'Inferno e Bandella (IT5180012) | 893 ha |
| | Valli glaciali di Orto di Donna e Solco d'Equi (IT5120008) | 2.832 ha |
| | Vallombrosa e Bosco di S. Antonio (IT5140012) | 2.697 ha |
| | Zone calcaree della Val di Lima e del Balzo Nero (IT5120102) | 1.683 ha |