| | Boschi di Bolgheri, Bibbona e Castiglioncello (IT5160005) | 3.525 ha |
| | Elba orientale (IT5160102) | 2 ha |
| | Isola di Capraia - area terrestre e marina (IT5160006) | 90 ha |
| | Isola di Capraia - area terrestre e marina (IT5160007) | 18.403 ha |
| | Isola di Gorgona - area terrestre e marina (IT5160002) | 95 ha |
| | Isola di Montecristo e Formica di Montecristo - area terrestre e marina (IT5160014) | 90 ha |
| | Isola di Pianosa - area terrestre e marina (IT5160013) | 82 ha |
| | Isole di Cerboli e Palmaiola (IT5160011) | 21 ha |
| | Monte Calvi di Campiglia (IT5160008) | 1.037 ha |
| | Monte Capanne e promontorio dell'Enfola (IT5160012) | 6.756 ha |
| | Padule di Bolgheri (IT5160004) | 577 ha |
| | Padule di Suese e Biscottino (IT5160001) | 144 ha |
| | Padule Orti - Bottagone (IT5160010) | 43 ha |
| | Promontorio di Piombino e Monte Massoncello (IT5160009) | 712 ha |
| | Scarpata continentale dell'Arcipelago Toscano (IT5160020) | 473 ha |
| | Scoglietto di Portoferraio (IT5160019) | 154 ha |
| | Secche della Meloria (IT5160018) | 8.727 ha |
| | Tombolo di Cecina (IT5160003) | 354 ha |