Il Bosco di Malabotta è il bosco per eccellenza. Eccezionale è il suo valore ecologico, non solo per l'integrità, ma soprattutto per l'accentuata diversità ambientale, in relazione all'estensione in altitudine della riserva. Dal punto di vista geomorfologico, nella parte centro-settentrionale dell'area, predominano i sedimenti argilloso-arenacei, i profili delle alture sono dolci e regolari; nella porzione meridionale, invece, la presenza di conglomerati e di rocce calcaree spiega la presenza di dirupi come quelli di Pizzo Castelluzzo, Serra Castagna, Pizzo Daniele e Pizzo Galera. Nella riserva troviamo, diversi habitat: il bosco, la prateria, gli ambienti umidi torrentizi e quelli rupestri.