Il Bosco di Malabotta è il bosco per eccellenza, anche se andrebbe annoverato fra le foreste per la sua naturalità. Eccezionale è il suo valore ecologico, non solo per l'integrità, ma soprattutto per l'accentuata diversità ambientale, in relazione all'estensione in altitudine della riserva.
Nel Bosco di Malabotta, per circa 80 ettari domina il cerro, quercia dal portamento regale che può raggiungere i 30 metri di altezza, riconoscibile, oltre che dalle caratteristiche incisioni delle foglie, anche perché le cupule delle sue ghiande, di grosse dimensioni, sono protette da squame lineari ed arricciate.
Gli animali presenti sono un vero e proprio campionario della fauna siciliana che qui assume una forte valenza data la naturalità del bosco: tra la microfauna, importantissimi sono gli artropodi (animaletti invertebrati a cui comunemente associamo ragni, insetti e crostacei) presenti con molte specie endemiche.