Monte Kronio è noto per la complessa architettura del suo ipogeo nel
quale circolano aria e vapori legati a fenomeni termali. La
temperatura, mediamente stabilizzata intorno ai 38°C, in certi momenti
diventa così elevata da impedire l'esplorazione completa del sito.
Nell'intricato sviluppo delle cavità si distinguono cinque grotte
principali: le Stufe di San Calogero; la Grotta del Lebbroso; la Grotta
di Mastro, la Grotta del Gallo e la Grotta di Cucchiara. Quest'ultima è
un vero e proprio labirinto aspirante. Chi ama, quindi, la speleologia
troverà spunti di osservazione estremamente interessanti. Il termalismo
pare tragga origini da fenomeni di vulcanismo secondario, insorti in
epoche storicamente databili, che renderebbe i vapori saturi di sali
sulfurei, ai quali sono attribuibili effetti terapeutici. Il patrimonio
idrominerale di Monte Kronio, che non viene del tutto sfruttato, è tra
i più ricchi e completi al mondo.
Alle diverse tipologie di acque
(si spazia dalle sulfuree alle salsobromoiodiche, dalle mediominerali
alle bicarbonato-alcaline) viene attribuito un nome popolare: quella
chiamata Acqua Santa, di natura bicarbonato-alcalina, è scomparsa nel
1968 in seguito al terremoto della Valle del Belice, ora si pensa
comunque che sia possibile reperirla nuovamente.
Il monte, di natura calcarea, è colonizzato da una vegetazione
fondamentalmente rupestre, mentre sulla sommità nei pressi del
Santuario si è insediata una pineta. Flora e fauna sono ancora oggetto
di studio.