Même si le territoire de la Réserve a été profondément modifié par
l'homme, à la suite d'années d'abandon progressif, la couverture
forestière s'est lentement reconstituée et la composante florale s'est
enrichie jusqu'à comprendre 421 espèces reconnues.
A l'intérieur de
l'enceinte sacrée le milieu naturel, fortement anthropisé, a pris
l'aspect d'un jardin Renaissance : à remarquer une petite hêtraie ainsi
que quelques exemplaires séculaires d'espèces différentes telles que buis, blaireau, ilex et orme champêtre.
L'avifaune, typiquement pré-montagneuse, n'est pas très significative, à cause de la forte pression anthropique.
Le Sacro Monte di Varallo est géré par l'organisme régional appelé Riserva Naturale Speciale del Sacro Monte di Varallo.
La Riserva Naturale Speciale del Sacro Monte di Varallo a été instituée par la Région Piémont à travers la loi no. 28 du 30 avril 1980, afin de sauvegarder les caractéristiques environnementales et paysagères du Sacro Monte, assurer la récupération et la conservation du complexe historique-religieux, et favoriser sa jouissance à des fins scientifiques, culturelles et didactiques.