La laguna è una delle aree naturali più estese e caratterizzanti la nostra regione, ed è pertanto uno dei principali nodi del sistema regionale delle aree protette. È stata designata quale Sito della Rete Natura 2000, ovvero la Rete di aree dell'Unione Europea, prioritarie per valore naturalistico e per la tutela stessa della biodiversità. Ai sensi della Direttiva Habitat 92/43/CEE, è Zona Speciale di Conservazione (ZSC – IT3320037), per la protezione di habitat e specie animali e vegetali significative a livello europeo, così come, ai sensi della Direttiva Uccelli 2009/147/CE, è Zona di Protezione Speciale (ZPS –IT3320037), per la tutela delle specie di uccelli selvatici e dei loro habitat.
Comprende, inoltre, due Riserve naturali regionali, istituite ai sensi della legge regionale n. 42/96, ovvero la Valle Canal Novo (121 ettari) e le Foci dello Stella (1.377 ettari).