Allestito nei locali al piano terra della villa, sul suo lato di destra rispetto al salone centrale, è un piccolo ma significativo museo che illustra le peculiarità ambientali dei Colli Euganei: flora e vegetazione, fauna suddivisa per ambienti e funghi. Come tutto il complesso monumentale di Villa Beatrice d'Este, è di proprietà della Provincia di Padova.
Informazioni generali e recapiti: Sito della Provincia di Padova