| | Affluenti del Torrente Mela (ITA030007) | 1.565 ha |
| | Alta Valle del Fiume Alcantara (ITA030035) | 3.631 ha |
| | Arcipelago delle Eolie - area marina e terrestre (ITA030044) | 79 ha |
| | Bacino del Torrente Letojanni (ITA030004) | 1.308 ha |
| | Boschi di San Mauro Castelverde (ITA020003) | 3.559 ha |
| | Bosco del Flascio (ITA070007) | 3.022 ha |
| | Bosco di Malabotta (ITA030005) | 1.595 ha |
| | Capo Calavà (ITA030033) | 159 ha |
| | Capo Milazzo (ITA030032) | 47 ha |
| | Capo Peloro - Laghi di Ganzirri (ITA030008) | 60 ha |
| | Contrada Giammaiano (ITA060008) | 577 ha |
| | Dorsale Curcuraci, Antennamare (ITA030011) | 11.483 ha |
| | Fiumara di Floresta (ITA030037) | 2.096 ha |
| | Fiume Fiumedinisi, Monte Scuderi (ITA030010) | 7.198 ha |
| | Fiume San Paolo (ITA030020) | 1.357 ha |
| | Foce del Fiume Pollina e Monte Tardara (ITA020018) | 2.095 ha |
| | Fondali dell'isola di Salina (ITA030041) | 100 ha |
| | Fondali di Capo Milazzo (ITA030045) | 748 ha |
| | Fondali di Taormina - Isola Bella (ITA030040) | 100 ha |
| | Forre laviche del Fiume Simeto (ITA070026) | 1.377 ha |
| | Isola Bella, Capo Taormina e Capo S. Andrea (ITA030031) | 22 ha |
| | Isola di Alicudi (ITA030023) | 389 ha |
| | Isola di Filicudi (ITA030024) | 779 ha |
| | Isola di Lipari (ITA030030) | 2.476 ha |
| | Isola di Panarea e Scogli Viciniori (ITA030025) | 259 ha |
| | Isola di Salina (Monte Fossa delle Felci e dei Porri) (ITA030028) | 665 ha |
| | Isola di Salina (Stagno di Lingua) (ITA030029) | 1.234 ha |
| | Isola di Vulcano (ITA030027) | 1.608 ha |
| | Isole di Stromboli e Strombolicchio (ITA030026) | 1.057 ha |
| | Lago di Ancipa (ITA060005) | 1.519 ha |
| | Laguna di Oliveri - Tindari (ITA030012) | 5 ha |
| | Lecceta di S. Fratello (ITA030022) | 391 ha |
| | Monte Pelato (ITA030039) | 3.908 ha |
| | Monte Sambughetti, Monte Campanito (ITA060006) | 3.670 ha |
| | Monti Nebrodi (ITA030043) | 70.529 ha |
| | Monti Peloritani, Dorsale Curcuraci, Antennamare e area marina dello stretto di Messina (ITA030042) | 29 ha |
| | Pizzo della Battaglia (ITA030016) | 894 ha |
| | Pizzo Fau, Monte Pomiere, Pizzo Bidi e Serra della Testa (ITA030014) | 8.558 ha |
| | Pizzo Michele (ITA030018) | 2.817 ha |
| | Pizzo Mualio, Montagna di Vernà (ITA030009) | 1.615 ha |
| | Riserva naturale del Fiume Alcantara (ITA030036) | 980 ha |
| | Rocca di Novara (ITA030006) | 1.413 ha |
| | Rocche di Alcara Li Fusi (ITA030013) | 2.183 ha |
| | Rocche di Roccella Valdemone (ITA030034) | 863 ha |
| | Rupi di Taormina e Monte Veneretta (ITA030003) | 608 ha |
| | Serra del Re, Monte Soro e Biviere di Cesarò (ITA030038) | 21.318 ha |
| | Stretta di Longi (ITA030001) | 946 ha |
| | Torrente Fiumetto e Pizzo d'Uncina (ITA030002) | 1.516 ha |
| | Torrente San Cataldo (ITA030021) | 868 ha |
| | Tratto Montano del Bacino della Fiumara di Agrò (ITA030019) | 4.536 ha |
| | Valle del Fiume Caronia, Lago Zilio (ITA030015) | 876 ha |
| | Vallone Laccaretta e Urio Quattrocchi (ITA030017) | 3.569 ha |