| | Alto corso del Fiume Asinaro, Cava Piraro e Cava Carosello (ITA090016) | 2.327 ha |
| | Area Marina di Capo Passero (ITA090031) | 74.351 ha |
| | Biviere di Lentini, tratto mediano e foce del Fiume Simeto e area antistante la foce (ITA070029) | 61 ha |
| | Bosco Pisano (ITA090022) | 2.082 ha |
| | Capo Murro di Porco, Penisola della Maddalena e Grotta Pellegrino (ITA090008) | 172 ha |
| | Cava Cardinale (ITA090019) | 2.043 ha |
| | Cava Contessa - Cugno Lupo (ITA090021) | 1.795 ha |
| | Cava d'Ispica (ITA080009) | 947 ha |
| | Cava Grande del Cassibile, Cava Cinque Porte, Cava e Bosco di Bauli (ITA090007) | 5.256 ha |
| | Conca del Salto (ITA080011) | 291 ha |
| | Cozzo Ogliastri (ITA090024) | 1.598 ha |
| | Fiume Tellesimo (ITA090018) | 1.315 ha |
| | Fondali del Plemmirio (ITA090030) | 100 ha |
| | Fondali dell'isola di Capo Passero (ITA090028) | 100 ha |
| | Fondali di Brucoli - Agnone (ITA090026) | 100 ha |
| | Fondali di Vendicari (ITA090027) | 100 ha |
| | Grotta Monello (ITA090011) | 61 ha |
| | Grotta Palombara (ITA090012) | 61 ha |
| | Isola Correnti, Pantani di Punta Pilieri, chiusa dell'Alga e Parrino (ITA090010) | 146 ha |
| | Isola di Capo Passero (ITA090001) | 37 ha |
| | Monte Lauro (ITA090023) | 1.706 ha |
| | Monti Climiti (ITA090020) | 2.972 ha |
| | Pantani della Sicilia sud orientale (ITA090003) | 1.601 ha |
| | Pantani della Sicilia sud-orientale, Morghella, di Marzamemi, di Punta Pilieri e Vendicari (ITA090029) | 3.559 ha |
| | Pantano di Marzamemi (ITA090005) | 31 ha |
| | Pantano Morghella (ITA090004) | 263 ha |
| | Saline di Augusta (ITA090014) | 36 ha |
| | Saline di Priolo (ITA090013) | 232 ha |
| | Saline di Siracusa e Fiume Ciane (ITA090006) | 5 ha |
| | Torrente Prainito (ITA080012) | 201 ha |
| | Torrente Sapillone (ITA090015) | 699 ha |
| | Valle del Fiume Anapo, Cavagrande del Calcinara, Cugni di Sortino (ITA090009) | 4.698 ha |
| | Vendicari (ITA090002) | 1.517 ha |