La vegetazione rappresenta una delle peculiarità della Riserva Naturale Sasso Malascarpa, ricca di ambienti di interesse comunitario quali i cosiddetti prati magri, meritevoli di tutela in quanto sempre più rari. Anche le zone rupicole presentano un notevole interesse, ospitando diverse specie endemiche appartenenti alla cosiddetta flora insubrica.
La gestione dell'area da parte di ERSAF è volta a conservare tali ambienti naturali, con interventi di rinaturalizzazione dei popolamenti artificiali di conifere (abete e larice soprattutto), di contenimento dell'avanzata del bosco e di mantenimento della flora delle rupi.