Nel tardo Cinquecento (1565-69 circa) il complesso venne radicalmente riprogettato ad opera dell'architetto perugino Galeazzo Alessi che, pur mantenendone il contenuto religioso, volle trasformarlo in un luogo di meraviglie ed artifici, con giochi d'acqua, fontane, siepi, zone amene di giardino all'italiana.