Malgrado il territorio della Riserva sia stato profondamente modificato
dall'uomo, in seguito ad anni di graduale abbandono, si è andata
ricostituendo lentamente la copertura forestale ed arricchendosi la
componente floricola, della quale sono state individuate 421 specie.
All'interno del recinto sacro l'ambiente naturale, fortemente
antropizzato, ha assunto l'aspetto di un giardino rinascimentale: da
segnalare un boschetto di faggio a canna d'organo oltre ad alcuni individui secolari di diverse specie quali bosso, tasso, ilex e olmo campestre.
L'avifauna, tipicamente pre-montana, non è particolarmente significativa, vista la forte pressione antropica.
Il Sacro Monte di Varallo è gestito dall'ente regionale denominato Riserva Naturale Speciale del Sacro Monte di Varallo.
La Riserva Naturale Speciale del Sacro Monte di Varallo è stata istituita dalla Regione Piemonte con la legge n. 28 del 30 aprile 1980 per salvaguardare le caratteristiche ambientali e paesaggistiche del Sacro Monte, garantire il ripristino e la conservazione del complesso storico religioso e favorirne la fruizione a fini scientifici, culturali e didattici.