Die Kirchengrotte S. Michele in Cagnano Varano befindet sich in der Nähe (ca. 900 m) des Südufers der Lagune auf einer Anhöhe, die etwa 100 m höher im Vergleich zum Ufer der Lagune ist. Die Grotte blickt auf das Valle dell'Angelo, das das vom Monte Lo Sfrizzo fließende Wasser auffängt. Die Stätte ist in eine natürliche Höhle gegraben, die karstischen Ursprungs ist und ca. 50 m lang und 6 bis 15 m breit ist.