Queste strutture hanno come principale finalità quella di fornire gli strumenti per stimolare la curiosità, l'interesse e l'immaginazione del visitatore educandolo al rispetto verso la natura che ci ha conservato il passato. Il territorio è rappresentato e raccontato attraverso resti archeologici e tradizioni, suggestioni in grado di stabilire un contatto fra il visitatore e la cultura, le tradizioni, alcune ancora in uso nell'area protetta.
Ogni struttura si presenta nel territorio e si sviluppa seguendo un tema specifico, diversificato per ogni centro visita.
L'uomo fin dal Paleolitico antico ha colto le attitudini del territorio determinate dal fiume e dai suoi tributari, occupando colli e terrazzamenti e facendone prima sede di città e villaggi etruschi e romani, poi castelli e borghi fortificati in epoca medioevale e di cui restano ampie vestigia. I vari musei esprimono questa storia intorno al Fiume.
L'indagine storica che riguarda il corso del Tevere rivela una costante presenza umana che risale almeno al neolitico. Di questo periodo sono i ritrovamenti nelle grotte della Piana dove la presenza dell'uomo è testimoniata da resti di scheletri e da alcuni manufatti litici e ceramici. Le grotte di San Francesco, di Santa Romana e del Forello hanno restituito reperti dell'età del bronzo (dal XVIII al X sec. a.C.). Alla civiltà etrusca e umbra appartiene la necropoli del Fossi di San Lorenzo compresa nel territorio del Comune di Montecchio. Sono numerose tombe ipogee appartenenti al VII al IV sec. a.C. ritrovate in località Copio, dislocate nell'area prossima al fiume. I materiali venuti alla luce sono soprattutto riferibili a corredi funerari: buccheri, monili, vasi, oggetti d'uso quotidiano, armi. In buona parte sono esposti nell'Antiquarium di Tenaglie.
L'epoca romana vede ancora il fiume protagonista della storia. Il Tevere, oltre che culla della civiltà, ebbe soprattutto un'importante funzione commerciale: numerosi i ponti di collegamento infatti e gli scali favoriti dalla navigabilità delle acque. Di ciò resta testimonianza nei toponimi: come nei pressi di Todi, Pian di Porto e Pontecuti, che sorsero presso il ponte edificato nel punto in cui le sponde sono maggiormente ravvicinate e che hanno restituito importanti reperti di età preromana che di età romana. Poi la Barca di Salviano, ora sul lago in seguito alla costruzione dell'invaso, ancora il Porto do Pagliano e più a sud Madonna del Porto che rammenta un altro scalo fluviale. La venerazione dei popoli antichi per il dio Tiberino è documentata da un'ara conservata nell'Antiquarium di Baschi.
Ego sum pleno quem flumine cernis
Stringentem ripas et pinguia culta
secantem, caeruleus Thybris, caelo
gratissimus amnis.
Hic mihi magna domus, celsis
caput urbibus exit.
Io, che con piena corrente vedi
lambire le rive e attraversare fertili
campi, sono il ceruleo Tevere,
gratissimo al cielo.
Qui la mia grande dimora, la mia
sorgente esce tra eccelse città.
Virgilio Eneide, libro VIII, 65-68,
Il Dio Tevere appare in sogno ad Enea.