L'Arcipelago Toscano include le sette isole dell'Arcipelago Toscano: Elba, Capraia, Gorgona, Pianosa, Montecristo, Giglio, Giannutri.
Si tratta di isole di formazione geologica assai diversa: Capraia é vulcanica, il Giglio e l'Elba sono prevalentemente granitiche. Una grande varietà geologica che influenza forma e paesaggio di ciascuna isola. L'antichissima presenza dell'uomo, testimoniata dai ritrovamenti e dalla lunga tradizione di lavorazione dei minerali, ha prodotto profondi cambiamenti nella vegetazione originaria e i boschi di leccio restano solo in alcune parti dell'Elba, mentre la macchia mediterranea é la vegetazione dominante.
L'Arcipelago Toscano ha rappresentato un'importante area di rifugio e di collegamento tra il sistema sardo-corso e la penisola. Da questa storia la presenza nell'Arcipelago di specie di animali e vegetali estremamente focalizzate, formatesi nei periodi d'isolamento, assieme a specie presenti solo in Corsica e in Sardegna. Presenti colonie di uccelli marini, berte e gabbiani, tra i quali il raro gabbiano corso, specie endemica del Mediterraneo e presente in Italia in pochissime località. Sporadicamente segnalata la foca monaca mentre è possibile l'avvistamento di cetacei.
Le isole sono caratterizzate dalla presenza di numerosi endemismi. Interessanti sono le presenze del venturone, del sordone, della raganella tirrenica, del discoglosso sardo e del geco tirrenico o tarantolino. I mammiferi terrestri sono quelli tipici dell'ambiente mediterraneo con la rilevante presenza della martora; diffusa e visibile è anche la presenza del coniglio selvatico. Estinto sin dall'inizio dell'Ottocento il cinghiale maremmano, è stato introdotto una trentina di anni fa il cinghiale centroeuropeo, questa specie si è riprodotta a dismisura all'Elba divenendo un problema per la tutela degli endemismi floristici e la salvaguardia delle colture agricole.
L'Arcipelago è un punto di sosta e di nidificazione per molti uccelli migratori. Presenti colonie di berte e gabbiani tra cui il raro gabbiano corso che è stato scelto quale simbolo del parco.
I fattori principali che influenzano la vegetazione dell'Arcipelago Toscano sono il clima di tipo mediterraneo e l'insularità. Dominano le piante sempreverdi, che possiedono foglie coriacee, protette da un'epidermide robusta e praticamente impermeabile; oppure piante con foglie ridottissime, talora trasformate in spine, o del tutto mancanti, come nel caso delle ginestre. Delle grandi foreste di leccio oggi sopravvivono solo pochi boschi cedui; la complessità orografica ed altitudinale dell'isola d'Elba ha favorito la presenza di boschi di castagno; sui rilievi è da segnalare la presenza del tasso e del carpino nero. Oggi la formazione vegetale più diffusa nel parco è la profumatissima macchia mediterranea, tra le cui molteplici specie ricordiamo: il corbezzolo, l'alaterno, il lentisco, il ginepro fenicio, il mirto, le eriche, il rosmarino, la lavanda, le splendide ginestre e i coloratissimi cisti.
Da ricordare inoltre la linaria di Capraia e il giglio di mare.
La storia dell'Elba e dei suoi abitanti è legata a doppio filo alle miniere di ferro, coltivate dall'antichità fino al termine del secolo scorso. L'estrazione dei minerali sull'isola sembra aver avuto inizio alcune migliaia di anni avanti Cristo ad opera degli "Ilvates", popolazione proveniente dall'attuale Liguria da cui deriva il nome" Ilva", antica denominazione dell'Elba. Gli Etruschi prima e i Romani poi diedero un notevole impulso all'attività di estrazione e lavorazione dei minerali ferrosi, in primo luogo dell'ematite.
I tramonti d'estate sono uno spettacolo naturale che affascina ogni visitatore dell'Arcipelago Toscano. Assaporare i colori, contemplare le sfumature, perdersi tra le scaglie di luce riflesse sulla superficie del mare, ora dorate, ora argentate, ammirare i colori cangianti del sole riflesso su un vecchio edificio o sul tronco di un albero mentre il cielo si tinge di morbide sfumature pastello, è un'esperienza che rimane impressa nella memoria.
Le isole dell'Arcipelago Toscano sono state da sempre considerate, per dimensioni e caratteristiche, luoghi adatti alla sperimentazione con finalità e modalità di realizzazione diverse a seconda delle epoche storiche e delle emergenze politiche e sociali da affrontare. E' stata Pianosa, nel 1858, ad aprire la strada alle colonie penali agricole, passando da luogo di detenzione privilegiata per reclusi a bassa pericolosità sociale a luogo punitivo con l'istituzione del carcere di massima sicurezza. Sul finire degli anni '90 del secolo scorso si è assistito alla chiusura degli istituti penali, pur lasciando la porta aperta ai "ripensamenti".
Le isole dell'Arcipelago toscano sono costituite da vari tipi di rocce: magmatiche, sia intrusive (graniti, porfidi granitici e filoni aplitici) che effusive (basalti e rioliti), sedimentarie (calcari, arenarie ecc.), metamorfiche (filladi, gneiss, marmi ecc.) oltre ai famosi ammassi di minerali ferriferi della zona orientale dell'isola d'Elba. Queste rocce mostrano aspetti particolari che le ricollegano alle loro svariate e lontane zone di origine, dandoci la prova tangibile dei movimenti ed accavallamenti che hanno permesso la nascita dell'Arcipelago toscano.
Si definiscono endemismi le specie animali o vegetali presenti in un territorio circoscritto. La grandezza di questo territorio non è compresa in un intervallo con un massimo ed un minimo predefiniti, e l'area compresa può andare da quella di un'intera nazione ad una regione più ristretta, fino ad un territorio molto limitato, addirittura di pochissimi centinaia di metri quadrati, quando si parla di endemismi cosiddetti "puntiformi".
Le specie aliene sono quelle specie animali o vegetali trasportate dall'uomo in modo volontario o accidentale al di fuori della loro area d'origine. Alcune di esse si insediano con successo e si diffondono in maniera rapida causando gravi danni alle specie e agli ecosistemi originari di quel luogo, spesso accompagnati da ricadute economiche e problemi sanitari.