Lo splendido mosaico ambientale del Parco è inoltre arricchito da importanti ritrovamenti di reperti preistorici ed archeologici testimonianza della presenza dell'uomo al Circeo sin da epoche remote.
Le numerose grotte ed i ripari naturali del promontorio sono, infatti, importantissimi siti preistorici nei quali, oltre al ritrovamento di un cranio dell'uomo di Neanderthal (prof. Blanc, Grotta Guattari, 1939), numerosissime sono le altre testimonianze (resti fossili, reperti litici, ecc.) che possono rendere un'idea della presenza dell'uomo e delle sue attività nel corso delle ere preistoriche.
I reperti archeologici, invece, sono in buona parte riferibili all'epoca romana, sia imperiale che repubblicana, quando la notevole capacità tecnica dell'epoca consentì la realizzazione di opere di raffinata ingegneria residenziale ed idraulica, come il porto canale di Torre Paola od il complesso termale-residenziale della Villa di Domiziano, giunte sino ai nostri giorni.
Dal complesso della Villa di Domiziano provengono importanti reperti artistici esposti in vari musei, come l'Apollo di Kessel ed il Fauno con flauto traverso, che ornavano gli ambienti residenziali e termali dell'insediamento imperiale.