La chiesa-grotta di S. Michele a Cagnano Varano si trova a breve distanza (circa 900 m) dalla riva meridionale della laguna. La sua posizione è su un rilievo più elevato di circa 100 m. rispetto alla riva della laguna. La grotta affaccia sulla Valle dell'Angelo che capta le acque che scendono da Monte Lo Sfrizzo. Il sito è ricavato in una cavità naturale di origine carsica lunga circa 50 m. e larga dai 6 ai 15 m.